bonohu

Supporting Metadata Curation from Public Life Science Databases Using Open-Weight Large Language Models https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.02.16.706241v1

確かに入構時の（shy guyな自分にとっては大変な）プロセスが一つ減ってたな

🌾 Now published in Bioinformatics Advances: "Functional annotation of novel heat stress-responsive genes in rice utilizing public transcriptomes and structurome". 

Explore the full study: https://doi.org/10.1093/bioadv/vbag013

Authors include: @sorayone56.bsky.social

大学院生時代からやりたかった「配列類似性は低いが、構造類似性は高い」に基づく遺伝子機能予測手法の開発。
特定生物のゲノム(genome)解読による遺伝子コード領域予測とそこから得られるすべてのタンパク質配列情報(proteome)、さらにAlphafoldによるそれらすべてのタンパク質の立体構造情報(structurome)、そして高速なタンパク質立体構造比較が可能となったことで、それをついに実現することができました！

Functional annotation of novel heat stress-responsive genes in rice utilizing public transcriptomes and structurome AbstractMotivation. Life science databases include large collections of public transcriptome and large-scale structural data. The reuse and integration of

Following peer review, a research paper titled "Functional annotation of novel heat stress-responsive genes in rice utilizing public transcriptomes and structurome" was typeset and published! #bonohulab
Bioinformatics Advances, Volume 6, Issue 1, 2026, vbag013, doi.org/10.1093/bioa...

Curses return upon the heads of those that curse.

Following peer review, a research paper titled "Functional Annotation Workflow for Fungal Transcriptomes" was published. doi.org/10.3390/jof1... #bonohulab

タームの終わりは昨日だったようだ。お疲れさまでした

Open Databases, More Freedom: From Failed Experiments to Data Science Associate Professor, Institute for Advanced Academic Research/Graduate School of Medicine, Chiba University Tazro OHTA | CHIBADAI ... "My job is to collect and clean data," says Associate Professor Tazro Ohta of Chiba University's Institute for Advanced Academic Research, Graduate School of Medicine, and Data Science Core (DSC). As ...

【CHIBADAI Story】
Open Databases, More Freedom: From Failed Experiments to Data Science

Tazro OHTA, Associate Professor
Institute for Advanced Academic Research / Graduate School of Medicine, #ChibaUniversity

www.cn.chiba-u.jp/en/story_e26...

#AI #DataScience #Database #Genome #Research

しかしjob vacancy の掲示は変わらず、紙媒体という

割と変化の早い海外の学会感。かつてはコンピュータルームに何台かあったプリンターがなくなっててペーパーレスが加速してる

San Diegoこんなに寒かったっけ？

"QPX: Pathway analysis environment" has been published as preprint on BioHackrXiv as the DBCLS BioHackathon 2025 report. doi.org/10.37044/osf...

Genome editing of the flavanone 3-hydroxylase gene produces a green Perilla line with elevated luteolin accumulation https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2025.12.28.695628v1

Promoting 'Bio-DX' for a sustainable eco-society through genome editing: developing hypoallergenic eggs and super insects Promoting 'Bio-DX' for a sustainable eco-society through genome editing: developing hypoallergenic eggs and super insects

Promoting 'Bio-DX' for a sustainable eco-society through genome editing: developing hypoallergenic eggs and super insects sj.jst.go.jp/stories/2025... #BioDX

実験医学増刊：オミクスデータを探す！使いこなす！公共データベース厳選53〜情報の海で手に入る宝物で、あなたの研究が発展する！ 「どうすれば欲しいデータを効率よく探せるだろう？」「このオミクス解析結果，どう解釈しよう？」生命医科学分野の公共データベースの数は2,000を超えるといわれており，研究の目的に合ったものを見つけ出すのは困難です．本書は，ゲノム，タンパク質，代謝物などあらゆるレイヤーについて，データの入手と解釈に有用なデータベースを厳選して特徴と使い方を紹介します！

実験医学増刊の2025年版DB本出ました！ #bonohulab の研究員の2人がWikiPathwaysとInterProのところを執筆協力しました
www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/...

時は金なり

共同研究講座研究員の今井さん、神田さん、統合生命科学研究科 生物資源科学プログラムの美野さんと小池教授、プラチナバイオ株式会社の奥原さん、と坊農による東広島市安芸津（三津湾）の牡蠣ゲノム解読の論文 (DOI: 10.1101/2025.11.20.688662) が bioRxiv に公開されました🦪🧬
東広島市の「次世代学園都市の実現に向けたバイオ分野の産学官連携強化」の方針によるオープンイノベーション加速事業とJST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)「バイオDX産学共創拠点」による成果です #bonohulab

ようやく寒くなってきた模様

国勢調査、インターネット回答だん

Functional Annotation of Novel Heat Stress-responsive Genes in Rice Utilizing Public Transcriptomes and Structurome https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.09.29.679423v1

期刊公告 | 徐讯研究员出任《GigaScience》主编

This is a good example of how people feel when you make an important announcement only in your language. heh. It also reminds us what a wonderful world with an advanced machine translation function we're living in. mp.weixin.qq.com/s/zlr6KLLHGI...

表現を仕事にする人が、歴史と政治を学んだ方がいい理由【完全版】ー“空気”を変える力は、あなたの手の中にある｜ウラケン・ボルボックス 『表現を仕事にする人が、歴史と政治を学んだ方がいい理由』。このnoteを投稿したときは、正直ここまで反響があるとは予想もしませんでした。 しかし、公開直後からたくさんの方に読まれ、スキをもらい、コメントやシェアが広がっていく中で、ある確信が芽生えました。 「みんな、モヤモヤしている。」 あのnoteは、昨今の情勢に対して抱いていた違和感、個人的モヤモヤを、文章として固形化したものでしたが、...

防災の日。102年前の関東大震災では、

「朝鮮人が井戸に毒を入れた・放火をした・暴動を起こした」

などのデマが飛び交い、信じた人々が関東各地で虐殺行為を行った。排外主義が幅を利かせる昨今。もし、いままた首都直下型地震が発生したとして、同様の事態に陥らないと言い切れるだろうか。

102年前の事件を知らない人ほど、同様の行為に走るのではないだろうか。我々は歴史から過ちを学ぶ必要がある。

#防災の日
#関東大震災

note.com/ulaken/n/n8b...

先日の万博出展の報告が出てました
「6日間で7万人を超える方が来場され、アレルギー低減卵の取組みに期待と応援の言葉をいただきました」
「アレルギー低減卵が製品化された未来への願いを卵型のカプセルに込める「FutureEgg」には、1,000件を超えるメッセージをいただきました。なかには研究者・開発者への応援メッセージもあり、関係者でひとつひとつ大切に拝見しました。」
これまでのイベントと比べてその来場者の多さに圧倒される、素晴らしいアウトリーチの機会となりました。
www.biodx.org/post/2025-08...

今日明日と大阪万博対応
www.mext.go.jp/a_menu/expo_...
それにしても、千里川なつい

広島大学オープンキャンパス2025　オンラインコンテンツ

本日オープンキャンパス。その前に暑気払いの空からの放水。開始までには止んで欲しいところだが
www.hiroshima-u.ac.jp/oc/online2025

黙祷直れ

令和7年度広島中央サイエンスパーク夏休みオープンラボ（施設公開）

夏休みオープンラボは、広島中央サイエンスパーク（東広島市鏡山）に立地している国や県、民間の研究機関が連携して開催する児童・生徒向け科学体験イベントです。パーク内の9つの建物で、工夫を凝らした体験・展示・施設見学等を行うほか、特別講演会も開催します。

開催日時：令和7年8月22日（金曜日）10時～16時
開催場所：広島中央サイエンスパーク（東広島市鏡山三丁目）
www.pref.hiroshima.lg.jp/soshiki/247/...

おしごと。なかなか自然豊かなところにあった（表現力

2025年7月を振り返って / 学部講義を担当する第2タームの後半戦の7月。 基本週2回で、祝日の振替で3回授業がある週が出てきたり。しかもその週はオムニバス講義の担当もちょうどあって、0.5コマ分ではあったが週4回、しかも同じ学年に講義することに。さすがにその週末は疲れMAXで熱を出して寝込んでしまうぐらいになったが、一晩で回復。やはり、まるっきり初めての講義シリーズを一人でやるのは至難の業である。そんな状況だったので、さすがにこの7月は久しぶりに出張なしの月となった。が、院試関係の色々があったり、ブンセイの演題締切が月末ということで… bonohu.jp/blog/july202...