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Hidekazu HIROAKI, Ph.D.

@h-hiroaki.bsky.social

創薬科学研究者。タンパク質科学・NMR構造生物学・アミロイド研究・天然変性タンパク質研究。研究に関する内容をこちらに掲載します。おもに自分の読もうとしている論文の備忘録です。大学院生募集中。5月に大学院入試説明会が開催されます。趣味はチヌグレセイゴのフカセ釣りです。

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Posts by Hidekazu HIROAKI, Ph.D. (@h-hiroaki.bsky.social)

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AMDが全従業員の4%にあたる約1000人を解雇 AMDが現地時間2024年11月13日に、全世界の従業員約2万6000人のうち約4%にあたる約1000人を解雇したことが報じられています。この報道に対してAMDは事実を認め「当社のリソースを最大の成長機会に合わせるための一環」と語りました。

AMDが全従業員の4%にあたる約1000人を解雇
https://gigazine.net/news/20241114-amd-lay-off/

14.11.2024 01:43 — 👍 14    🔁 5    💬 0    📌 1
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Transcription factor EBF1 is essential for B cell differentiation. Zolotarev et al. show that tyrosines in its intrinsically disordered region are required for phase separation, DNA binding, BRG1 recruitment and chromatin remodeling.
Read more here:
➡️ tinyurl.com/gad350828

20.02.2024 20:51 — 👍 0    🔁 1    💬 0    📌 0
Diagram to represent the interrelated factors involved in the photo-regulatory mechanisms of Arabidopsis CRY complexes. Dual mechanisms of action, including the “Lock-and-Key” and the “Liquid-Liquid Phase Separation (LLPS)” mechanisms, explain, at least partially, the structural diversity of CRY-interacting proteins and the functional diversity of the CRY photoreceptors.

Diagram to represent the interrelated factors involved in the photo-regulatory mechanisms of Arabidopsis CRY complexes. Dual mechanisms of action, including the “Lock-and-Key” and the “Liquid-Liquid Phase Separation (LLPS)” mechanisms, explain, at least partially, the structural diversity of CRY-interacting proteins and the functional diversity of the CRY photoreceptors.

💪 Small but mighty! This JIPB mini-review explores the remarkable dual-action mechanism of #Arabidopsis cryptochromes. PlantScience onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...

28.02.2024 13:20 — 👍 5    🔁 3    💬 0    📌 0
Interplay Between Intracellular Transport Dynamics and Liquid‒Liquid Phase Separation Live-cell single-particle tracking of quantum dots reveals the complex interplay between nonequilibrium dynamics and liquid–liquid phase separation (LLPS). Intracellular diffusion and active transport are reduced after LLPS, due to increased molecular crowding and heterogeneity of intracellular environments. Additionally, LLPS is regulated by intracellular dynamics: the reduced intracellular diffusion promotes stress granule (SG) assembly, and microtubule-associated transport facilitates SG coalescence. Abstract Liquid‒liquid phase separation (LLPS) is a ubiquitous process in which proteins, RNA, and biomolecules assemble into membrane-less compartments, playing important roles in many biological functions and diseases. The current knowledge on the biophysical and biochemical principles of LLPS is largely from in vitro studies; however, the physiological environment in living cells is complex and not at equilibrium. The characteristics of intracellular dynamics and their roles in physiological LLPS remain to be resolved. Here, by using single-particle tracking of quantum dots and dynamic monitoring of the formation of stress granules (SGs) in single cells, the spatiotemporal dynamics of intracellular transport in cells undergoing LLPS are quantified. It is shown that intracellular diffusion and active transport are both reduced. Furthermore, the formation of SG droplets contributes to increased spatial heterogeneity within the cell. More importantly, the study demonstrated that the LLPS of SGs can be regulated by intracellular dynamics in two stages: the reduced intracellular diffusion promotes SG assembly and the microtubule-associated transport facilitates SG coalescences. The work on intracellular dynamics not only improves the understanding of the mechanism of physiology phase separations occurring in nonequilibrium environments but also reveals an interplay between intracellular dynamics and LLPS.

Interplay Between Intracellular Transport Dynamics and Liquid‒Liquid Phase Separation

07.03.2024 14:51 — 👍 0    🔁 1    💬 0    📌 0
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Amyloid Beta Oligomers Accelerate ATP-Dependent Phase Separation of Ago2 to RNA Processing Bodies https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.14.584939v1 miRNA-repressed mRNAs and Ago proteins are known to be localized to RNA-processing bodies, the subce

Amyloid Beta Oligomers Accelerate ATP-Dependent Phase Separation of Ago2 to RNA Processing Bodies https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.14.584939v1

15.03.2024 01:18 — 👍 0    🔁 1    💬 0    📌 0
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Amyloid Beta Oligomers Accelerate ATP-Dependent Phase Separation of Ago2 to RNA Processing Bodies https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.14.584939v1 miRNA-repressed mRNAs and Ago proteins are known to be localized to RNA-processing bodies, the subce

Amyloid Beta Oligomers Accelerate ATP-Dependent Phase Separation of Ago2 to RNA Processing Bodies https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.14.584939v1

15.03.2024 01:18 — 👍 0    🔁 1    💬 0    📌 0
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Post-Doctoral Fellowship in Molecular Biophysics Post a job in 3min, or find thousands of job offers like this one at jobRxiv!

Post-Doctoral Fellowship in Molecular Biophysics #ScienceJobs #AcademicSky jobrxiv.org/job/biol...

14.03.2024 21:19 — 👍 0    🔁 2    💬 0    📌 0

2025年度YLC教員募集(情報開示:2024年3月15日(金)9:00、締切り:2024年5月1日(水)12:00)
www.iar.nagoya-u.ac.jp/public/3039/
創薬研究を志して、ぜひ名古屋大学YLCにチャレンジしたいという方はぜひご連絡ください。特にタンパク質凝集やLLPSやIDPを標的とした創薬研究に興味がある方、一緒にやりましょう!

15.03.2024 07:26 — 👍 1    🔁 1    💬 0    📌 0
conference poster

conference poster

Call for nominations : the 2024 Varian Young Investigator Award at Euromar 2024, deadline April 15, to to recognize a promising scientist within the first 12 years after their PhD, nominations procedure -> posted 03/06/2024 listes.services.cnrs.fr/wws/arc/nmr/... #NMRnews #NMRchat #NMR 🧲

07.03.2024 15:12 — 👍 2    🔁 2    💬 0    📌 0

#春から名大 のみなさん、合格おめでとうございます。名古屋大学には薬剤師を養成する薬学部はありませんが、大学院からは「創薬科学研究科」があります。名古屋大学内外の様々な学部を卒業した学生さんを、その背景分野を問わず幅広く受け入れています。
www.ps.nagoya-u.ac.jp/graduate_cou...
将来、医薬品や化粧品や健康食品を生み出す研究に関わりたい、人々の健康に分子・細胞の力で役立ちたい、と思う方は、ぜひ、研究科のウェブページをご訪問ください。
それでは4月に東山キャンパスでお会いしましょう、
Enjoy science!

08.03.2024 09:36 — 👍 4    🔁 0    💬 0    📌 0

物欲番長 年度末予算で購入できないかしら
www.benq.com/ja-jp/ideaca... BenQ手元実演Webカメラ(ノイキャンマイク機能付き)これは講義の配信とかに便利では?あと試料実物を見ながらの共同研究者とのディスカッションや、ウェブを通じた実験手技の共有などにも 
ideaCam S1 Pro ¥31,800

27.02.2024 07:57 — 👍 2    🔁 0    💬 0    📌 0

セミナーが面白かったら、どこが面白かったか、どこを深堀りすればもっと面白くなるか、ポジティブにその面白さを言語化していきたい。小さな「知的成功体験」を積み上げていくことで、いろいろな次元での研究プロセス(先行研究調査も立派な研究プロセスの一部)での自己肯定感を上げていってほしいのだ。

26.02.2024 13:53 — 👍 3    🔁 0    💬 0    📌 0

Conformational strains of pathogenic amyloid proteins in neurodegenerative diseases
Dan Li & Cong Liu 
Nature Reviews Neuroscience volume 23, 523–534 (2022)
www.nature.com/articles/s41...

26.02.2024 13:06 — 👍 1    🔁 0    💬 0    📌 0
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Identification of potential aggregation hotspots on Aβ42 fibrils blocked by the anti-amyloid chaperone-like BRICHOS domain - Nature Communications This study identifies potential aggregation hotspots on the fibril surface of Alzheimer’s disease associated Aβ42 fibrils, which are blocked by the anti-amyloid chaperone-like domain BRICHOS.

Identification of potential aggregation hotspots on Aβ42 fibrils blocked by the anti-amyloid chaperone-like BRICHOS domain
Rakesh Kumar et al.,
Nature Communications 15, 2024, 965
www.nature.com/articles/s41...
BRICHOS流行の兆し・・・

26.02.2024 13:04 — 👍 2    🔁 0    💬 0    📌 1
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長良川のアユと河口堰 川と人の関係を結びなおす honto.jp/netstore/pd-...
著者蔵治 光一郎 (編)

26.02.2024 13:00 — 👍 5    🔁 0    💬 0    📌 0

速攻で発注しました、この内容は買うしかないっしょ

Interface 2024年 04月号
honto.jp/netstore/pd-...

数学100[すぐに使える数式&プログラム付き!]

第6章
AIの数学
6-1 線形モデルの定義/6-2 線形回帰モデルの学習方法:最小2乗法/6-3 線形回帰モデルの学習方法:勾配降下法/6-4 過学習に対抗するための線形回帰モデルの変形/6-5 ニューラル・ネットワーク・モデルの定義/6-6 ニューラル・ネットワーク・モデルの学習/6-7 活性化関数/6-8 重みの更新アルゴリズム/6-9 モデル性能を測るための計算式「評価指標」

26.02.2024 12:54 — 👍 1    🔁 0    💬 0    📌 0

今日の文献セミナーは、2演題ともとても面白かった。

26.02.2024 12:42 — 👍 2    🔁 0    💬 0    📌 0

今日は研究室の送別会であった。ノンアルコール、ケーキを囲んでの送別会、楽しかったし、イベントを企画してしきったM1諸氏の企画力・結束力にも脱帽した。終了した皆さん、社会人になっても、身に付けたいろいろな知識や観察力思考力を利用して、enjoy scienceを続けてほしいです。修了おめでとう!

26.02.2024 12:39 — 👍 5    🔁 0    💬 0    📌 0

confit.atlas.jp/guide/event/...

15.02.2024 05:32 — 👍 0    🔁 0    💬 0    📌 0

各位 こっそり?参加者募集サイトがオープンしていますよ~ 

第52回内藤コンファレンス 
テーマ:物理的・機械的視点が拓く生物学
会 期:2024年10月1日(火)~2024年10月4日(金)
会 場:シャトレーゼ ガトーキングダム サッポロ(札幌市)
ポスター募集期間:2024年2月6日(火)正午 ~ 3月12日(火)正午
ということでstiffnessの研究とか機械刺激とか、もちろん相分離も

15.02.2024 05:26 — 👍 1    🔁 0    💬 0    📌 1
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<Hands-on training>
[Program C]
This hands-on program of #IUPAB2024 provides a CHARMM-GUI/GENESIS workshop held in Kobe to learn MD simulations. <Lecturers>
Yuji Sugita (RIKEN, Japan)
Wonpil Im (Lehigh Univ, USA)
For an application → x.gd/vpVP9

14.02.2024 10:22 — 👍 1    🔁 1    💬 0    📌 0

<Hands-on training>
#IUPAB2024 [Program F]
This program includes an introduction to the developments and applications of optical tweezers and correlated microscopy in biological research by IQB, The University of Tokyo and LUMICKS.
For an application → x.gd/vpVP9

14.02.2024 10:21 — 👍 1    🔁 0    💬 0    📌 0
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I don't have examples of *my* work (publication is still a WIP) but I can point to some work from my colleagues!

(Picture from https://doi.org/10.1146/annurev-biophys-042910-155245 but if you search the article on Google scholar you'll get a free pdf result)

(Short 🧵 as I take my train ride home)

06.07.2023 22:58 — 👍 2    🔁 1    💬 2    📌 0
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To assess, we used @HNNsolver’s biophys model of a cortical column under external drive to predict mechanisms of the FC-ERP features after the stop signal (P2, N2, P3). A sequence of drives strikingly similar to those proposed to produce sensory ERPs can accomplish this. (4/)

31.10.2023 02:07 — 👍 1    🔁 1    💬 1    📌 0
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Just 4 days until this awesome event at Biophys! See you in PA!

07.02.2024 01:06 — 👍 6    🔁 3    💬 0    📌 0

<IMPORTANT NOTICE>
Those who are willing to present your research at #IUPAB2024 , our system will accept your abstract until 23:59, Feb. 15th (Wed), JST (UTC +9). Not until noon, not until 5 pm, UNTILL 23:59 !! You (I, too,) still have 30 hours to go!

t.co/chlVcwF5pV

14.02.2024 10:18 — 👍 0    🔁 0    💬 0    📌 0

楽しそう

少量・多品種の箔印刷に、ブラザーの箔プリンター HAK110|ブラザー www.brother.co.jp/product/prin...

13.02.2024 06:03 — 👍 3    🔁 1    💬 0    📌 0

・論文執筆が進まない
・今日中に申請書を投稿したいがそれも危うい
・シラバスと成績とその他の会議の日程調整だけで時間がとけてしまった
・知らない間にPCのダウンロードフォルダが雑ファイルであふれていた
・それとは別にちょっと面白いことを思いついた

13.02.2024 06:43 — 👍 0    🔁 0    💬 0    📌 0

今年はもう一度ラズパイ工作にチャレンジしよう。まずは、ウズラの孵卵器(旧ラズパイでも十分動く)を再起動して実証実験を行う予定。

13.02.2024 06:36 — 👍 1    🔁 0    💬 0    📌 0