Denis Chrétien

A cryo-EM processing pipeline for microtubules using CryoSPARC
www.biorxiv.org/content/10.6...
#CryoEM, #microtubule

FOCUS PLATEFORME : La plateforme de Cryo-Microscopie Électronique I2BC accueille Heddy Soufari, ingénieur-chercheur CEA, pour renforcer le développement méthodologique en cryo-EM La plateforme conjointe de Cryo-Microscopie Électronique de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC, Gif-sur-Yvette, Institut Joliot, CEA, Saclay) et du Synchrotron SOLEIL renforce son expertise avec l’arrivée de Heddy Soufari, recruté en tant qu’ingénieur-chercheur CEA. Spécialisé en biologie structurale et en cryo-microscopie électronique (cryo-EM), il consacre l’essentiel de son activité au développement méthodologique et au soutien scientifique des utilisateurs régionaux et nationaux sur les sites de SOLEIL et de l’I2BC.   Docteur en biologie structurale de l’Université de Bordeaux, Heddy Soufari a orienté ses recherches vers la compréhension de la structure et de la dynamique des complexes macromoléculaires. Après un parcours académique entre la France et le Canada, il a acquis une solide expertise en cryo-microscopie électronique appliquée à l’étude de systèmes biologiques complexes. Il a notamment contribué à la caractérisation de ribosomes de mitochondries et de complexes protéiques chez différents modèles eucaryotes, avant de rejoindre la société NovAliX où il dirige le pôle Cryo-EM et met la microscopie au service du structure-based drug design (SBDD) sur des cibles thérapeutiques.   Depuis son recrutement au CEA en septembre 2024, il accompagne les chercheurs de l’I2BC et de la région dans leurs projets de cryo-EM, de la préparation d’échantillons à l’analyse des reconstructions tridimensionnelles. Il développe parallèlement une activité méthodologique centrée sur la cryo-tomographie électronique (cryo-ET) et l’imagerie corrélative cryo-CLEM, avec pour objectif d’étudier l’organisation et la dynamique de complexes macromoléculaires in situ. Sa vision scientifique repose sur une approche multi-échelle, allant de la molécule unique à la cellule entière, afin d’explorer la tridimensionnalité des systèmes biologiques dans toute leur complexité.   Avec l’arrivée d’Heddy Soufari, la plateforme renforce sa capacité à développer de nouvelles méthodologies et pipelines pour la tomographie cellulaire, l’analyse d’images 3D et la corrélation optique-électronique. Ces efforts visent à faire de la plateforme un pôle de référence pour la visualisation in situ des architectures cellulaires et des complexes macromoléculaires à haute résolution.   -> Contact : Stéphane Bressanelli (plt-cryoem@i2bc.paris-saclay.fr)   Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI   Envie de (re)lire leurs précédents FOCUS PLATEFORME ? 17 février 2020 FOCUS PLATEFORME : Des analyses par cryo-microscopie électronique révèlent les mécanismes d'auto-assemblage de l'α-synucléine, une protéine impliquée notamment dans la maladie de Parkinson 4 décembre 2023 FOCUS PLATEFORME : Un assemblage protéique à façon visualisé par cryo-microscopie électronique et reconstruction 3D   I2BC / Plateforme de cryo-microscopie électronique (CRYO-EM). La plateforme pour la cryo-microscopie électronique I2BC met à disposition une large gamme d’instruments et de services pour la biologie structurale : vitrification d’échantillons (Vitrobot, Leica GP2), microscope Tecnai Spirit (120 kV) pour les expériences préliminaires, microscopes de dernière génération Glacios (200 kV) pour les expériences à haute résolution, ainsi qu’un microscope confocal cryogénique Stellaris pour les approches corrélatives optique-électronique. La plateforme a la capacité de préparer et d’imager des échantillons biologiques de niveau de sécurité 2. Elle s’est associée au mésocentre de calcul Paris-Saclay pour l’hébergement des serveurs de stockage et d’analyse des images produites. La plateforme CryoEM de l’I2BC est associée à SOLEIL dans le cadre de la plateforme conjointe CryoEM@Paris-Saclay. Les images obtenues en cryo-microscopie électronique sur le microscope Glacios, ainsi que les moyens de calcul disponibles sur la plateforme, permettent le crible de grilles et la détermination de structures 3D à des résolutions dépassant fréquemment 3 Å et pouvant atteindre 2 Å. Ces premières structures permettent si nécessaire d'accéder aux microscopes plus puissants, notamment le Titan Krios G4 (300 kV) à SOLEIL, mais aussi les microscopes Titan Krios de l'ESRF, de l’IBS (Grenoble) ou de l'IGBMC (Strasbourg), menant aux résolutions atomiques. La plateforme CryoEM de l’I2BC permet aussi l'observation de complexes in situ (protéines à la surface d'organites purifiés ou de virus enveloppés, protéines membranaires reconstituées dans des liposomes...) par cryo-tomographie électronique. La plateforme accueille des projets issus de la recherche académique, institutionnelle et industrielle, et s’inscrit dans le réseau des infrastructures nationales en biologie structurale et intégrative (FRISBI). Ses missions couvrent la préparation d’échantillons, la collecte de données, le traitement d’images, la formation et l’accompagnement des utilisateurs. Cette plateforme fait partie du pôle des plateformes de Biologie Structurale de l'I2BC qui comprend six plateformes : cristallographie, RMN, CryoEM, mesures d'interactions macromoléculaires (PIM), expression de protéines recombinantes en systèmes eucaryotes (Prot-Ex) et sélection sur mesure de protéines artificielles comme ligands spécifiques de toute protéine d’intérêt (AlphaRep). D’autre part, les plateformes CryoEM, cristallographie, PIM et AlphaRep sont aujourd’hui labélisées IBISA sous la bannière BioStruct@UPSAY.   A propos de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC - UMR 9198). L’I2BC est une Unité Mixte de Recherche (CEA, CNRS, Université Paris-Saclay), accueillant une soixantaine d’équipes de recherche et hébergeant 17 plateformes technologiques, réparties en 6 pôles. 2025 a aussi été une année clé pour l’I2BC : cette unité a fêté ses 10 ans !

FOCUS PLATEFORME : La plateforme de Cryo-Microscopie Électronique I2BC accueille Heddy Soufari, ingénieur-chercheur CEA, pour renforcer le développement méthodologique en cryo-EM

Rassemblement de fascistes à Nice

Fascistes avec des torches

En ce moment à Nice, rassemblement de fascistes.
J'ai passé la journée à prévenir mes ami.e.s racisé.e.s et LGBTQIA+ de ne pas sortir. Une amie a été menacée par 6 hommes.
On se rend compte de la dinguerie ? ?? ?

GitHub - dchretien35/TubuleJ: TubuleJ is a plugin to ImageJ designed to analyze cryo-electron microscope images of fibers. The straightening part of TubuleJ can be used with various types of fibers, w... TubuleJ is a plugin to ImageJ designed to analyze cryo-electron microscope images of fibers. The straightening part of TubuleJ can be used with various types of fibers, while the FFT analysis and 3...

A new version of TubuleJ is available at github.com/dchretien35/...
It allows straightening of various kinds of fibers, and facilitates analysis of cryo-EM images of microtubules.
#CryoEM #microtubules

PhD in Rennes! Study how OGG1 repairs oxidative DNA damage using advanced microscopy. Join Sébastien Huet’s team at IGDR (Oct 2026). Master’s in cell biology/biophysics? Apply: sebastien.huet@univ-rennes.fr #PhD #CancerResearch #Microscopy

This is absolutely gorgeous work from @helenfoster.bsky.social, @margotriggi.bsky.social, @gaiapigino.bsky.social and colleagues 🤩

#Chlamy cilia never cease to amaze!

Expansion microscopy is possible for any lab with a basic microscope. It’s allowing biologists to observe cellular processes like never before. www.quantamagazine.org/expansion-mi...

Excellent 😍

La loose en Bretagne 😥

Envie de faire un PhD en biologie ? Découvrez les projets de thèse et les équipes qui recrutent des doctorants. L’appel à candidatures pour le concours doctoral de l’IGDR est ouvert. Les dossiers doivent être déposés au plus tard le 16 avril 2026 à 23h59 (heure de Paris). Entre 5 et 10 postes sont proposés au sein des équipes de l’IGDR, sur des projets relevant des deux axes de recherche suivants : Axe 1 : Génétique, génomique et cancer Axe 2 : Biologie cellulaire, développement et biophysique Les informations complètes ainsi que le portail de candidature sont disponibles sur le lien.

📢 Vous envisagez de faire un #PhD en #Biologie ? Notre concours doctoral est ouvert !

Candidatez avant le 16 avril, 23h59
5 à 10 postes disponibles

ℹ️https://igdr.univ-rennes.fr/concours-doctoral-de-ligdr

cc @cnrs-bretagneloire.bsky.social

@insermgrandouest.bsky.social

@rennesuniv.bsky.social

Paired with the show, Bob Goldstein created the world's longest microtubule, ascending the Genome Science Building's spiral stairs, to honor Emeritus Professor Ted Salmon

Bon, ce 'big bang' ça a un caractère un peu religieux, y'avait quoi avant 🤔 il n'est pas sorti de nulle part quand même...

Embryon humain au stade blastocyste prêt à s’implanter. L’enveloppe du noyau des cellules est visible en bleu et le cytosquelette d’actine en orange. © Julie Firmin et Jean-Léon Maître (Institut Curie, Université PSL, CNRS UMR3215, INSERM U934)

Cette image ne vous rappelle-t-elle pas les boules de Noël sur votre sapin ? 😍

C'est avec cette jolie image que l'Inserm vous souhaite un joyeux Noël !🎄

Congratulations Tony, this is great news 🤩

Anthony A. Hyman will become EMBL’s next Director General.

He joins EMBL from @mpi-cbg.de in Dresden. He is also Professor of Molecular Biology @tudresden.bsky.social, and was a group leader at EMBL Heidelberg from 1993 to 1999.

www.embl.org/news/people-...

Bon, Éric, on n'y comprend plus rien. Y'avait quoi avant le fameux big bang... Pour former tout ce bazard faut un max de matière, non ?

Looks very interesting, is there a paper related to the method/results?

Rosalind Franklin and the damage of gender harassment Spurred by a recent report on sexual harassment in academia, our columnist revisits a historical case and reflects on what has changed—and what hasn’t

Rosalind Franklin and the damage of gender harassment | Science | AAAS www.science.org/content/arti...

We have wondered what a complex archaeal cell might look like ever since 2014. It’s been a long road (and the journey is far from over), but it’s a good time to pause for breath and look. These Asgard archaeal cells are a surprise! And that is the joy of being a cell biologist.

I am beyond excited to share that my postdoc project @szndohrn.bsky.social and the @arnonelab.bsky.social is now available in #ScienceAdvances @science.org. www.science.org/doi/10.1126/...

Diatoms – microscopic algae found almost everywhere there’s water – make up ~25% of Earth’s annual oxygen production.🌎

EMBL researchers have now found a way to easily reveal their inner structures by combining cryo-fixation with ultrastructural expansion microscopy 🔬

www.cell.com/current-biol...

Advances in high-resolution imaging of centrioles and cilia Summary: A review of the progressive advances in light and electron microscopy that have revealed unprecedented structural and molecular insights into centrioles and cilia, and reshaped our view of th...

In their Review, Olivier Mercey, @marinebrunet.bsky.social, Paul Guichard & Virginie Hamel @centriolelab.bsky.social highlight advances in microscopy that have significantly deepened our understanding of centriolar & ciliary structure & function.
journals.biologists.com/jcs/article/...
#OpenAccess

🎉New Paper Drop🎉 We just uploaded our latest findings on bioRxiv!

We report the identification of the limits of microtubule self-repair and how microtubule integrity is maintained under mechanical load.

Congratulations @bucklingmt.bsky.social

www.biorxiv.org/content/10.1...

Two back-to-back stories on mitosis led by my incredible postdoc @krunovuk.bsky.social at @institutrb.bsky.social, in which we challenge the gliding model of CENP-E-driven chromosome congression! Today in @natcomms.nature.com
doi.org/10.1038/s414...
doi.org/10.1038/s414...

Si seulement beaucoup d'entre nous levaient les yeux vers le ciel au lieu de regarder leur nombril ... J'ai pu capturer Andromède en quelques heures avec un instrument basique, et ça a été un choc. Depuis, je ne cesse d'admirer l'univers qui nous entoure 😍

Kit de Base Équatoriale Sky-Watcher pour Seestar - Astrophotographie Précise et Stable Optimisez votre Seestar avec le kit de base équatoriale. Suivi précis, stabilité renforcée et images nettes du ciel profond pour des clichés d'astrophotographie exceptionnels.

Sinon monter ces deux accessoires (c'est ce que j'ai fait) : www.loisirsplaisirs.com/loisirs-plai...

Seestar TH10 Fluid Tripod Head Seestar TH10 hydraulic tripod head is specially designed for use with Seestar smart telescopes in equatorial mode. It also compatible with most SLR cameras, mirrorless cameras, video cameras, and more...

Non, Seestar a sorti cette monture, mais je ne sais pas si elle est déjà commercialisée en France :
store.seestar.com/fr/products/...

Oui ben en Bretagne c'est toujours 'un peu' nuageux 🤨 Un petit aperçu d'une partie du Voile de la Sorcière 😱 J'espère que tu pourras avoir la comète Lemmon, pas gagné ici ...

Télescope Seestar S50 ZWO All-in-One | Loisirs Plaisirs Découvrez le télescope Seestar S50 ZWO all-in-one. Un réflecteur automatique parfait pour les astronomes et les astrophotographes débutants !

Seestar S50, d'une simplicité enfantine d'utilisation. Acheté après un post d'Eric (de son balcon !), je ne regrette pas. Voir par exemple ici. Prendre de quoi effectuer une monture équatoriale.
www.loisirsplaisirs.com/telescope-zw...

This is what democracy looks like. #NoKings