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Pierre Poulain

@pierrepo.bsky.social

Associate prof Univ Paris Cité & Laboratory of Theoretical Biochemistry #bioinformatics #python #unix #openscience Software Heritage ambassador #pedagogy

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Latest posts by pierrepo.bsky.social on Bluesky

Petite question pour les chercheuses RT chercheurs. #ESR

Sur les serveurs de #preprints, y a un champ pour indiquer dans la référence de la revue où l'article a été publié (Journal-ref dans #arXiv)

Vous allez souvent, systématiquement, jamais, renseigner ce champ après publication dans une revue ?

01.11.2025 07:36 — 👍 2    🔁 2    💬 2    📌 0

Hypothèse: les chercheurs des organismes ont le temps de fignoler leurs dossiers ERC, les enseignants-chercheurs sont sous l'eau.

31.10.2025 08:59 — 👍 56    🔁 12    💬 8    📌 1
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Quand un jeune me dit que les règles admins sont débiles et qu'en plus les personnes en charge de les faire appliquer ne les comprennent pas toujours. #ESR

31.10.2025 14:43 — 👍 20    🔁 4    💬 0    📌 0
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Quand notre ministre de tutelle nous insulte devant la représentation nationale. "Bande de nuls" "complètement à la ramasse".
Nous reprocher des taux de réussite faible à Horizon Europe et ERC, quand manquent les moyens pour assurer nos missions de service public. Surtout changez rien!👌

31.10.2025 08:55 — 👍 300    🔁 155    💬 32    📌 89

I'm really excited to welcome BIDS as our founding premier member organization for 2i2c. It has been one a key strategic partner ever since our creation and I look forward to many more years of impact!

30.10.2025 20:11 — 👍 5    🔁 1    💬 0    📌 0
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Handy : application Open Source de reconnaissance vocale entièrement hors‑ligne

👉 Le projet : github.com/cjpais/Handy
👉 En savoir plus : https://handy.computer/

30.10.2025 19:32 — 👍 20    🔁 11    💬 2    📌 1
openRxiv logo with balloons displayed at the celebration dinner.

openRxiv logo with balloons displayed at the celebration dinner.

The @openrxiv.bsky.social community is charting the future of preprints — not just as papers, but as connected nodes in the open research web.

Our reflections + @row1.ca's lightning talk on building continuous, connected publishing.

curvenote.com/blog/czi-ope...

29.10.2025 21:13 — 👍 5    🔁 2    💬 0    📌 2

Really inspired by the energy at the @openrxiv.bsky.social Meeting last week — feels like a turning point for preprints and open research. 🌌

Excited to see how this community is connecting data, code, and narrative into something more open, interactive, and alive. 🚀

29.10.2025 21:15 — 👍 6    🔁 4    💬 0    📌 0
Photo de la rencontre des lauréats du FNSO

Photo de la rencontre des lauréats du FNSO

Les lauréats des appels à projets concernant l’#editionscientifique ouverte du Fonds national pour la #scienceouverte (FNSO) se sont réunis les 24 et 25 septembre 2025, au Centre des Colloques du Campus Condorcet.

www.ouvrirlascience.fr/deuxieme-ren...

29.10.2025 08:39 — 👍 3    🔁 3    💬 0    📌 1
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Your research expertise meets LUMEN’s tool development - join our co-design workshops! 👇

Workshop Topic #7:
Meta-search & discovery tools

Sign up here: https://ow.ly/IE6k50XgcN1

29.10.2025 09:30 — 👍 0    🔁 1    💬 0    📌 1
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Typst: The new foundation for documents Typst is the new foundation for documents. Sign up now and experience limitless power to write, create, and automate anything that you can fit on a page.

Happy Monday! We are now sponsoring @typst.app - it's an amazing open source document creation tool. Check it out! typst.app

27.10.2025 11:42 — 👍 4    🔁 1    💬 1    📌 0
15 Bioinformatics Project Ideas
YouTube video by OMGenomics 15 Bioinformatics Project Ideas

Students often ask me how to get bioinformatics experience, and I say "projects, projects, projects!". And inevitably they say "okay but how do I find a project to do?". So I made this video with 15 project ideas:

www.youtube.com/watch?v=dfJK...

24.10.2025 16:35 — 👍 6    🔁 3    💬 0    📌 0
Data Integration & Interoperability

Data Integration & Interoperability

Your research expertise meets LUMEN’s tool development: join our #co-design workshops. 👇

Workshop Topic #4:
Data Integration & Interoperability

Sign up here: https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdrSXYMlAlHZ0e1btdKdvT2EXPGrhC5rf5MadFDcTkPM_NQ3A/viewform

24.10.2025 08:30 — 👍 1    🔁 1    💬 0    📌 0
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Jupyter Book 2 and the MyST Document Stack - SciPy Proceedings Jupyter Book allows researchers and educators to create books and knowledge bases that are reusable, reproducible, and interactive. This new foundation introduces a scalable way to publish…

🚨 New paper! The @jupyterbook.org team just published a peer-reviewed paper in the SciPy Proceedings describing the design & architecture of Jupyter Book 2 and the MyST Document Engine!

📝 blog post: blog.jupyterbook.org/posts/2025-j...
📄 paper: proceedings.scipy.org/articles/hwc...

22.10.2025 14:02 — 👍 8    🔁 3    💬 1    📌 0
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Un requin devenu subitement « cool » depuis qu’il porte un collier avec une dent de surfeur Île de la Réunion - Depuis qu’il porte la dent d’un surfeur en pendentif, la côte de Bruce, grand requin blanc, a considérablement augmenté. Récit.

22 octobre 2024 : Un requin devenu subitement « cool » depuis qu’il porte un collier avec une dent de surfeur https://www.legorafi.fr/2024/10/22/un-requin-devenu-subitement-cool-depuis-quil-porte-un-collier-avec-une-dent-de-surfeur/

22.10.2025 07:00 — 👍 339    🔁 79    💬 4    📌 4

DeepSeek has open-sourced DeepSeek-OCR, a 3B-parameter model that achieves up to ten-fold lossless text compression through an “optical mapping” technique.

21.10.2025 12:03 — 👍 4    🔁 2    💬 1    📌 0

- I can’t believe I was hacked.

- What was your password?

- The year the Mongol Empire, with the help of the Southern Song dynasty, completed its conquest of the Jin dynasty after the final Jin stronghold of Caizhou fell.

- And when was that?

- 1234

17.10.2025 04:40 — 👍 462    🔁 149    💬 9    📌 1

(Je serais très surpris que les chiffres pondus par les applications de détection d'IA soient acceptés comme preuve par une commission de discipline et encore moins par un tribunal administratif qui passerait derrière.)

17.10.2025 18:24 — 👍 6    🔁 1    💬 2    📌 0

"C’est aussi, selon Paul Dirkx, du fait d’un manque de « méthode concertée pour prouver l’usage de l’IA ». En effet, son utilisation est encore peu réglementée"
-> mélange un problème de réglementation et un problème de moyens de preuve
(il n'y a pas de moyen de prouver l'usage d'une IA)

17.10.2025 18:03 — 👍 17    🔁 2    💬 2    📌 1

Gmail no longer lets you use plain SMTP to send email, so you can't write a Python script for it. Any *free* email services out there? My use case is having a Python script send out maybe a dozen emails a day.

17.10.2025 14:44 — 👍 9    🔁 1    💬 3    📌 0

The @lumen-eu.bsky.social YouTube Channel is now online, featuring content and news on the project. Explore at www.youtube.com/@LUMENProjec...

17.10.2025 08:42 — 👍 2    🔁 2    💬 0    📌 0

🎬 Missed #IPL 2025? Catch Up Anytime!
All sessions are now available to watchon our LUMEN channel:
📺 Follow the LUMEN YouTube Channel for more updates and upcoming content: www.youtube.com/playlist?lis... .
Thanks to everyone who brought their energy and ideas to make IPL 2025 a success!

17.10.2025 08:56 — 👍 2    🔁 2    💬 0    📌 0
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BIG ANNOUNCEMENT📣: I haven’t been this excited to be part of something new in 15 years… Thrilled to reveal the passion project I’ve been working on for the past year and a half!🙀🥳 (thread 👇)

15.10.2025 12:22 — 👍 482    🔁 185    💬 55    📌 59
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Cross compiling in the Conda ecosystem Cross compiling is a fundamental capability in modern software development, allowing developers to build packages for different architectures without needing access to the target hardware.

In our little deep dive series we're now exploring how cross-compilation in the Conda ecosystem works: prefix.dev/blog/cross-c.... Back in the days, @conda-forge.org rolled this out widely to support osx-arm64 early on, and now for linux-aarch64/ppc64le.

15.10.2025 06:11 — 👍 5    🔁 6    💬 0    📌 0
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I’ve spent the past week refining my free e-book, Applied Geostatistics in Python 📚💻

glossary 📖, illustrations 🎨, & descriptions, 32 chapters, downloadable Python workflows 🐍!

My university content in a more accessible format to reach a broader audience 🌍 🚀

geostatsguy.github.io/GeostatsPyDe...

21.12.2024 15:56 — 👍 4    🔁 1    💬 0    📌 1

Vous pouvez vous abonner à la lettre de la science ouverte. www.ouvrirlascience.fr/category/act...

14.10.2025 16:53 — 👍 0    🔁 2    💬 0    📌 0

je découvre SIESTA, un cloud confidentiel pour la recherche en lien avec EOSC et la slide 12 sur les principes FAIR pour des données sensibles répond bien à une de mes marottes
jcad2025.sciencesconf.org/file/1263911...

11.10.2025 10:35 — 👍 2    🔁 2    💬 1    📌 0
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Just published an interactive article about a magical algorithm known as the Burrows-Wheeler Transform, which powers sequence alignment tools like bowtie and bwa: sandbox.bio/concepts/bwt

It's also notoriously unintuitive so I'm hoping this article helps you build that intuition.

09.10.2025 17:05 — 👍 99    🔁 30    💬 5    📌 2

No. Biology

08.10.2025 20:40 — 👍 2    🔁 0    💬 0    📌 0
Les grands modèles de langues pour les nuls - MATE-SHS Par Olga Seminck Le titre reflète l’esprit de ce tutoriel : une explication simple et accessible à tous. Attention, il ne s’agit pas de dire que vous êtes « nuls » ! En fait, ce terme était surtout de...

Aujourd'hui de 14h à 16h, je fais un tuto mate-shs : les LLMs pour les nuls. Soyez les bienvenus ! mate-shs.cnrs.fr/actions/tuto...

16.01.2025 08:52 — 👍 0    🔁 1    💬 0    📌 0

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