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Joris Bertrand

@jorisbertrand.bsky.social

Lecturer (Maître de Conférences HDR) in Evolutionary biology and Ecology at the University of Perpignan Via Domitia. Associate Editor at @jevbio.bsky.social. Passionate photographer. #speciation #biogeography #hybridization #evolution

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Latest posts by jorisbertrand.bsky.social on Bluesky

@cnrsecologie.bsky.social regrette profondément l'adoption de cette loi à la vision court-termiste & ses conséquences graves sur l’environnement, qui méprise santé & bien-être de la population & le rôle des espèces sauvages dans la prod. agricole. La communauté scientifique n'a pas été entendue.

09.07.2025 08:38 — 👍 1640    🔁 1136    💬 36    📌 85
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#editorbio
@jorisbertrand.bsky.social joined #teamJEB this year! We are delighted to have him with us

21.07.2025 10:56 — 👍 4    🔁 2    💬 0    📌 0
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Each year we award the #StearnsPrize to the best graduate student-led papers published in JEB!

@eseb2025.bsky.social in August - the winners from the last 3 years will present their prize-winning research in a dedicated symposium - see you there 🤩

academic.oup.com/jeb/pages/wi...

14.07.2025 12:02 — 👍 5    🔁 1    💬 0    📌 1
LinkedIn This link will take you to a page that’s not on LinkedIn

A Chaire de Professeur Junior (CPJ) is opening in ou lab at the @upvd.bsky.social in "Plant biology and adaptation to climate change". Do not hesitate to forward and contact us! lnkd.in/diCqi4bC

09.07.2025 09:05 — 👍 1    🔁 3    💬 0    📌 0

Of course! ;-)

30.06.2025 11:48 — 👍 0    🔁 0    💬 0    📌 0

Our proposal on the evolution of bee orchids will be funded by an #ANR project! With @bourgeoisyann.bsky.social, we will be recruiting two people to work on:
🌸 innovative/AI-powered phenotyping
🧬 genomic architecture of adaptive radiations
Get in touch and meet up at @eseb2025.bsky.social!

30.06.2025 11:18 — 👍 12    🔁 11    💬 1    📌 0
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Les politiques et journalistes qui parlent d'écologie punitive et d'atteinte à la liberté, c'est quoi votre programme quand il fait 40°C à l'ombre ?

29.06.2025 09:04 — 👍 671    🔁 277    💬 42    📌 17
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📢 Appel à projets générique #AAPG 2025 : l’ANR publie les premières listes de projets sélectionnés dans le cadre de 21 comités d’évaluation.
➡ anr.fr/fr/actualite...

27.06.2025 13:34 — 👍 9    🔁 10    💬 0    📌 1
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📣 A professorship (tenure-track) on Plant biology and adaptation to climate change opens at the university of Perpignan

⚠️ "French is not mandatory but the chairholder is expected to follow French course during the 5-years tenure"

www.galaxie.enseignementsup-recherche.gouv.fr/ensup/cand_C...

24.06.2025 08:18 — 👍 7    🔁 4    💬 2    📌 1
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𝐓𝐡𝐞 #𝐄𝐒𝐄𝐁2025 𝐓𝐞𝐧𝐭𝐚𝐭𝐢𝐯𝐞 𝐀𝐠𝐞𝐧𝐝𝐚 𝐢𝐬 𝐧𝐨𝐰 𝐥𝐢𝐯𝐞!

Take a look and start planning your journey:
👉 lnkd.in/d6MSyPPa

#EvolutionaryBiology

19.06.2025 14:18 — 👍 2    🔁 3    💬 0    📌 0
Integration of pedigrees and methods for demographic inference in livestock population genomics Demographic inference is a central tool for reconstructing the genetic history of a population. Recently, several new approaches have brought this tool into a new era, that of the exhaustive use of whole-genome sequence. These approaches can be divided into two categories: demographic inference based on ancestral recombination graphs (ARGs1) and deep learning based inference2,3. However, without any other source of information, it is difficult to assess the actual degree of accuracy of these methods. In the case of livestock species, we usually have access to an additional information, rather unique and valuable, the pedigree over several generations. This set of relationships makes it possible to compare inferred demographic histories with the exact, albeit incomplete, history of the population.In this thesis project, we aim to use the pedigree information on the one hand, to assess the results obtained with the new approaches of demographic inference, and, on the other hand, to refine methods for ARG estimation. Therefore, we propose a research program divided into three main tasks: (i) to appropriate new approaches (ARG, deep learning) in demographic inference on goat and sheep datasets, (ii) to compare these approaches together, in particular to evaluate their inference of the effective size of a population in the light of genealogical information, and (iii) to integrate this information into the inference of ARGs.Kelleher, J. et al. Inferring whole-genome histories in large population datasets. Nature Genetics 51, 1330–1338 (2019).Schrider, D. R. & Kern, A. D. Supervised Machine Learning for Population Genetics: A New Paradigm. Trends in Genetics 34, 301–312 (2018).Korfmann, K., Gaggiotti, O. E. & Fumagalli, M. Deep learning in population genetics. Genome Biology and Evolution 15, evad008 (2023).You will be welcomed in the CHAMADE team (“CHAracterization and MAnagement of Diversity”) of the GenPhySE research unit (https://genphyse.inrae.fr/), located in the Occitanie-Toulouse research centre (31320, Castanet-Tolosan). The CHAMADE team is part of the “Diversity and Selection” scientific division of the research unit. The team is interested in methodological issues in the field of population genomics, genetic evaluation of livestock species and quantitative and evolutionary genetics. On deep learning approaches for demographic inference, collaboration is also planned with the BioInfo team from the Laboratoire Interdisciplinaire des Sciences du Numérique (LISN, Paris-Saclay University).

PhD offer in our lab in Toulouse, France
"Integration of pedigrees and methods for demographic inference in livestock population genomics"
Supervision: Pierre Faux & Bertrand Servin
More information: jobs.inrae.fr/en/ot-25908

16.06.2025 13:45 — 👍 2    🔁 6    💬 0    📌 0

OK. Oui, il y a des disciplines qui laissent plus de portes ouvertes que d’autres je pense.

11.06.2025 09:14 — 👍 0    🔁 0    💬 0    📌 0

Ils vont où?

11.06.2025 09:09 — 👍 0    🔁 0    💬 0    📌 0
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Did you know you can sign up to customisable JEB email alerts? Receive the latest research from the journal straight to your inbox on a schedule that suits you:

academic.oup.com/pages/using-...

19.05.2025 16:57 — 👍 4    🔁 5    💬 0    📌 1
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Macron vient d'annoncer que supprimer des programmes de recherches aux Etats-Unis était une erreur et ouvre le programme "Choose Europe for Science" en investissant 100 millions
Il y a une semaine, le gouvernement annonçait couper 493 millions de crédits pour la recherche et l'enseignement supérieur

05.05.2025 12:35 — 👍 901    🔁 417    💬 43    📌 41

A noter, une CPJ au LIPME sur le centre Occitanie-Toulouse sur la génétique et la génomique de l’attractivité du tournesol pour les pollinisateurs, notamment les abeilles.
jobs.inrae.fr/chaire/chair...

01.05.2025 06:24 — 👍 1    🔁 3    💬 1    📌 0

Non. Milliardaires ;-)

30.04.2025 18:27 — 👍 1    🔁 0    💬 0    📌 0
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C’est bien ce gouvernement qui annonçait il y a deux jours vouloir accueillir les chercheurs virés aux Etats-Unis ?

26.04.2025 16:25 — 👍 715    🔁 263    💬 19    📌 7
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Les missions concernées par les annulations de crédits sont incluses dans les thématiques prioritaires de #ChooseFranceForScience

¯\_(ツ)_/¯

www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/fr/lancement...

26.04.2025 16:52 — 👍 100    🔁 61    💬 2    📌 6

Vers Perpignan.

21.04.2025 14:43 — 👍 1    🔁 0    💬 0    📌 0
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Buso et al. studied parallel selection in two domestic lineages of Atlantic salmon. Shared sweeps in MHC genes suggest combined long-term balancing selection and recent domestication selection.

🔗 doi.org/10.1093/gbe/...

✏️ P. Buso @marie-saitou.bsky.social

#evobio #molbio

21.04.2025 13:11 — 👍 8    🔁 7    💬 0    📌 0
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A nice surprise during fieldwork…

21.04.2025 11:29 — 👍 20    🔁 1    💬 1    📌 2

A PhD position in plant evolutionary genomics is available at Univ.Vienna 🇦🇹. Focus: genomic drivers underlying the diversification of Tillandsia 😍. Funded by a project between France & Austria (ANR-FWF project RadiaSpe).
Come join the team!
More information: thibaultleroyfr.github.io/pdf/Univie_R...

18.04.2025 04:40 — 👍 9    🔁 10    💬 0    📌 0

Best add ever! 😎

15.04.2025 17:42 — 👍 0    🔁 0    💬 0    📌 0
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« Il est vain d’imaginer une vague significative de départs d’universitaires américains » CHRONIQUE. Malgré les menaces de Donald Trump, la science se porte bien aux Etats-Unis, avec des dépenses fédérales en matière de recherche et développement de l’ordre de 150 milliards de dollars et d...

Les américains n'ont pas le monopole des coupes budgétaires de la recherche académique!

US: ↘️ de 2-3 milliards sur un budget total de 150 milliards (<2%).
France: la dernière coupe était de 0,9 milliard pour 27 de budget (>3%).
-> Au delà de Trump, un problème mondial
www.lemonde.fr/idees/articl...

09.04.2025 14:26 — 👍 2    🔁 1    💬 0    📌 0

Ever wondered why you too should publish in @jevbio.bsky.social? Wonder no more, we have the answers for you (in case you didn’t know already):

09.04.2025 14:38 — 👍 11    🔁 10    💬 1    📌 0
ERC-funded PhD position available – Pierre de Villemereuil

👋

Interested in working on the evolution of genetic architecture 🧬 of complex traits using linked-read sequencing of thousands of common lizards 🦎 from a wild population and common garden experiment?

#evolution #genetics

Well, I have a PhD offer for you 👇
devillemereuil.legtux.org/erc-funded-p...

08.04.2025 15:54 — 👍 31    🔁 42    💬 1    📌 2

Le mieux est l’ennemi du bien…

07.04.2025 15:41 — 👍 0    🔁 0    💬 0    📌 0
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GAUTIER Mathieu / baypass public · GitLab ForgeMia

🚀 A new version of BayPass (v3.0) is now available for GEA/pGWAS analyses. This update brings support for Genotype-Likelihood data, hybrid datasets (allele counts and/or Pool-Seq and/or GL), or local-score computation (see updated manual).
🔗 forgemia.inra.fr/mathieu.gaut...

#BayPass #popgen

07.04.2025 13:38 — 👍 10    🔁 7    💬 0    📌 0
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Il a fait incroyablement mauvais à Perpignan en mars, et c’est une excellente nouvelle.
L’Agly coule de nouveau jusqu’à la mer, une situation qu’on n’avait plus observée depuis 2022. En 2023, le cumul annuel glissant des précipitations s’était effondré sous les 200 mm, soit moins que Amman !
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26.03.2025 17:26 — 👍 235    🔁 33    💬 4    📌 5

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