@martinhoelzer.bsky.social
Bioinformatics and translational research. Team lead at the Genome Competence Center at RKI, Berlin, Germany. https://hoelzer.github.io
I am hiring! - looking for a Staff Scientist to co-run my research group with me. Staff Scientist is a senior professional scientist role at EMBL. Please forward to people you might know who could be interested! embl.wd103.myworkdayjobs.com/en-US/EMBL/j...
10.10.2025 07:30 — 👍 108 🔁 118 💬 2 📌 5
Text: Aktuelle Lage (Stand 16.9.2025) Bis Mitte September wurden 53 bestätigte Erkrankungsfälle mit Nachweis des spezifischen Ausbruchserregers, die dem Ausbruch zugeordnet werden: darunter waren 14 HUS-Fälle weitere 54 Verdachtsfälle, darunter weitere 10 HUS-Fälle insgesamt 107 Erkrankungen Der Altersmedian liegt bei nur 5 Jahren, insgesamt sind überwiegend Kinder betroffen. Viele Erkrankte waren Urlauberinnen und Urlauber in Mecklenburg-Vorpommern. Die Erkrankungsbeginne der Patientinnen und Patienten liegen zwischen dem 11. August und dem 9. September 2025. Das Nationale Referenzzentrum am RKI identifizierte den Ausbruchserreger als EHEC des Serotyps O45:H2. 💡 Das Ergebnis der integrierten genomischen Surveillance (IGS) am Nationalen Referenzzentrum (NRZ) am RKI: Alle EHEC-Isolate aus Patientenproben waren genetisch sehr ähnlich – ein klarer Hinweis auf eine gemeinsame Infektionsquelle. Bildbeschreibung Hintergrund im RKI-Stil. Eine markierte 💡-Box betont den Hinweis zur IGS. Klar strukturierte Bulletpoints mit Zahlen und Zeitangaben.
Auf der Suche nach der Quelle Die bisherigen Erkenntnisse sprechen für ein kontaminiertes Lebensmittel als wahrscheinliche Infektionsquelle. Trotz intensiver Untersuchungen ist der konkrete Auslöser aber noch nicht identifiziert. Befragungen der Erkrankten Das RKI führt mit Betroffenen und Angehörigen detaillierte, explorative Interviews, um mögliche Infektionsquellen zu ermitteln. Dabei werden unter anderem Einkaufsgewohnheiten, Essensverläufe und Aufenthalte in Mecklenburg-Vorpommern erfragt.
ext Auf der Suche nach der Quelle – bisherige Ergebnisse Bisherige Ergebnisse Kein einzelner gemeinsamer Ort wie ein Tierpark oder Streichelzoo konnte als Quelle bestätigt werden. Baden in der Ostsee oder anderen Gewässern spielt nach bisherigem Stand keine entscheidende Rolle. Ursächliche Lebensmittel konnten bisher nicht identifiziert werden. Untersuchte Lebensmittelproben zeigten bisher keinen Nachweis des Ausbruchserregers. Nächste Schritte Basierend auf den bisherigen Ermittlungen wird das RKI spezifischere Datenerhebungen durchführen. Auch die Behörden der Lebensmittelüberwachung beteiligen sich an der Suche. Weiterhin ist es Ziel, die Infektionsquelle schnellstmöglich aufzuspüren, um weitere Erkrankungen zu verhindern.
Text Empfehlungen und Zusammenarbeit Aktuelle Empfehlungen: Verbraucherinnen und Verbraucher werden angehalten, die üblichen Infektionsschutzmaßnahmen wie Hände- und Küchenhygiene einzuhalten. Labore werden gebeten, bei EHEC- und HUS-Fällen Isolate zu gewinnen und unter Angabe der DEMIS-Meldungs-ID an das Nationale Referenzzentrum (RKI Wernigerode) oder das Konsiliarlabor HUS (Universität Münster) weiterzugeben. Wir arbeiten eng mit den zuständigen Landes- und Bundesbehörden zusammen, um die Infektionsquelle zu identifizieren und den Ausbruch zu stoppen. Dazu gehören genetische Analysen der Erreger und weiterführende spezifischere Datenerhebungen.
Update zum EHEC-/HUS-Ausbruch mit Schwerpunkt in Mecklenburg-Vorpommern
Bis 16.9. wurden 107 dem Ausbruch zugeordnete Fälle gemeldet, viele bei Kindern.
Die Untersuchungen der zuständigen Landes- und Bundesbehörden zur Infektionsquelle laufen weiter.
Mehr im #EpidBull
👉 www.rki.de/DE/Aktuelles...
Job offer! We have a fully funded open PhD student position at the @mdc-bimsb.bsky.social as part of @deep-dv-for5200.bsky.social, on RNA-based molecular mechanisms in herpes simplex virus 1-infected cells. Please spread the word, and DM me in case of questions.
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🦟🕷️ Helft mit, Mücken & Zecken in Deutschland zu überwachen!
Beim Citizen-Science-Projekt #ZEMEKI zählt jede Beobachtung. Foto hochladen via App oder Website – in nur wenigen Sekunden.
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#ZKIPH #RKI #CitizenScience #Zecken #Mücken #Klimawandel #ObsIdentify
Titel: „Erregersteckbrief: EHEC O45:H2“. Text: „EHEC-Stamm des Ausbruchs in Mecklenburg-Vorpommern vom Nationalen Referenzzentrum am RKI identifiziert“. Hintergrundbild: EM-Aufnahme von EHEC-Bakterien.
itel: „Was sind EHEC und HUS?“ Erklärung: EHEC sind Enterohämorrhagische Escherichia coli, die Shigatoxine bilden und Durchfallerkrankungen auslösen können. HUS, das hämolytisch-urämische Syndrom, ist eine seltene, aber schwere Komplikation, die bei einer EHEC-Infektion auftreten kann. Hinweis: Besonders gefährdet sind kleine Kinder und ältere Menschen.
Seit Ende August 2025 wird über einen EHEC-/HUS-Ausbruch in Mecklenburg-Vorpommern berichtet. Die Ausbruchsursache ist derzeit weiterhin unklar. Das RKI unterstützt das Landesamt für Gesundheit und Soziales (LAGuS) in Mecklenburg-Vorpommern bei der Beschreibung und Aufklärung des Geschehens u.a. durch ausführliche Befragungen von Erkrankten bzw. deren Eltern und Laboruntersuchungen. Das Nationale Referenzzentrum (NRZ) für Salmonellen und andere bakterielle Enteritiserreger am RKI hat nun den Ausbruchsstamm identifiziert.
Ausbruchsstamm Der Ausbruchsstamm gehört dem Serovar O45:H2 an. Dieser Stamm ist Shigatoxin Subtyp stx2a- und Intimin-(eaeA-)positiv. Der Serovar O45:H2 kommt in Deutschland selten vor. Von Januar 2015 bis Juni 2025 hat das NRZ in der genombasierten nationalen Surveillance (IGS) von klinischen EHEC/STEC (STEC = Shigatoxin-produzierende E. coli) nur 13 Stämme dieses Serovars unter 10.633 analysierten Proben detektiert, davon vier im Zusammenhang mit HUS-Erkrankungen. Diese Isolate sind mit dem derzeitigen Ausbruchsstamm genetisch nicht nah verwandt. Die Identifizierung des Ausbruchsstamms ermöglicht nun eine spezifischere Auswertung der Befragungsergebnisse und eine genaue Zuordnung von Fällen zum Ausbruchsgeschehen.
Seit Ende August 2025 wird über einen EHEC-/HUS-Ausbruch in Mecklenburg-Vorpommern berichtet. Das Nationale Referenzzentrum (NRZ) für Salmonellen und andere bakterielle Enteritiserreger am RKI hat den Ausbruchsstamm nun identifiziert.
Erregersteckbrief und Informationen zu #EHEC:
🔗 www.rki.de/ehec
🧬 Just released: a new update of our ONT methylation Nextflow pipeline!
Developed by Valentina, PhD student at RKI’s Genome Competence Center.
🛠️ Changes:
- Modkit envs updated
- Thresholds now optional (auto 10th percentile)
- Cleaner README
🔗 github.com/rki-mf1/ont-...
#Nextflow #Nanopore
Just published! 🧬
My student Valentina & I contributed to an FLI-led study on assembling ONT from pathogenic bacteria. 6.5% of ONT errors were methylation-related and could be reduced with the use of the right models.
Thanks for the great collaboration, Jena folk!
🔗 doi.org/10.1186/s128...
Influenza Die Grippewelle 2024/25 war die zweitstärkste seit 2017/18 und dauerte 16 Wochen. Besonders auffällig war eine starke Zirkulation der B-Viren der Linie Victoria, die stärkste seit 2017/18. Influenza-B-Viren der Victoria-Linie zirkulierten überwiegend auf Bevölkerungsebene sowie im ambulanten Bereich, dort insbesondere bei Schulkindern, wohingegen im stationären Bereich vor allem Influenza-A(H1N1)pdm09-Viren dominierten. Grippeimpfung Die Grippeimpfstoffe passten in dieser Saison gut zu den zirkulierenden Viren. Unter Geimpften konnten laut einer Zwischenanalyse im Februar 2025 31 % der grippebedingten Arztbesuche und 69 % der grippebedingten Krankenhauseinweisungen verhindert werden. Trotz der guten Passgenauigkeit der Impfstoffe war die Schutzwirkung eingeschränkt. Grund dafür waren vor allem die niedrigen Impfquoten. Illustration eines Arztes, der einer älteren Frau eine Impfung verabreicht. Unten: @rki.de
RSV Die RSV-Welle begann Anfang Januar 2025 und dauerte 13 Wochen. Insbesondere bei Säuglingen und älteren Erwachsenen können RSV-Infektionen schwere Verläufe und Krankenhausaufenthalte verursachen. Im Vergleich zur letzten Saison fiel die RSV-Welle 2024/25 weniger stark aus. RSV bleibt ein relevanter Erreger, vor allem für kleine Kinder und ältere Personen. Inzwischen gibt es gezielte Maßnahmen zur Verhinderung von schweren Verläufen durch RSV. Dazu gehören monoklonale Antikörper für Neugeborene und Säuglinge sowie die Impfung für ältere Erwachsene. Illustration einer Ärztin, die ein Kind untersucht. Unten: @rki.de
Rhinoviren zirkulierten das ganze Jahr über und prägten auch die Saison 2024/25. Besonders häufig wurden sie außerhalb der Grippewelle nachgewiesen. Pro Jahr hatten Kinder etwa 2,3 Rhino/Enterovirus-Erkrankungen, Erwachsene etwa 0,8. Auch bei im Krankenhaus aufgenommenen Kindern wurden Rhinoviren häufig nachgewiesen. Obwohl Rhinoviren oft mit milden Symptomen (z.B. Schnupfen) in Verbindung gebracht werden, können sie auch schwere Verläufe verursachen. Besonders betroffen sind kleine Kinder oder Menschen mit Vorerkrankungen. Illustration eines kranken Mannes im Bett. Unten: @rki.de.
SARS-CoV-2 SARS-CoV-2 zeigte erneut kein klares saisonales Muster. Ähnlich wie schon im Vorjahr kam es zu erhöhten Nachweisraten um 20 % im Spätsommer bis Herbst. Bei Kindern äußern sich COVID-19-Erkrankungen ähnlich wie andere Erkältungskrankheiten, bei Erwachsenen gehen sie noch relativ häufig mit Fieber, Kopfschmerzen, Müdigkeit und einem ausgeprägten Krankheitsgefühl einher, wenn auch nicht so häufig wie bei Grippe-Erkrankungen. Illustration zweier Personen, von denen eine mit Virensymbolen umgeben ist. Unten: @rki.de.
Virologische Surveillance akuter Atemwegserkrankungen (ARE)
Das RKI analysiert die ARE-Saison 2024/25. Die Publikationen im #EpidBull bündeln Ergebnisse zu Influenzaviren, RSV, Rhinoviren und SARS-CoV-2.
🔗 www.rki.de/DE/Aktuelles...
Prophylaxe zeigt Wirkung. RSV-Fälle bei Säuglingen halbiert.
Ergebnisse der Analyse bundesweiter Meldedaten. Nach Einführung der RSV-Prophylaxe hat sich die Zahl der RSV-Fälle bei Säuglingen mehr als halbiert. Im Winter 2024/25 lag die Inzidenz bei 1.045 Fällen pro 100.000 Säuglinge, 54 Prozent weniger als in der Saison 2023/24. Auch die RSV-bedingten Hospitalisierungen sind bei Säuglingen um 55 Prozent gesunken. Bei älteren Kindern gab es kaum Veränderungen, sie erhalten routinemäßig keine Prophylaxe. Die Ergebnisse zeigen, dass die Krankheitslast bei Säuglingen erheblich gesenkt werden konnte und schon in der ersten Saison viele Kinder wirksam geschützt wurden.
Hintergrund. RSV kann bei Säuglingen schwere Atemwegsinfektionen verursachen. Bei der RSV-Prophylaxe handelt es sich um den monoklonalen Antikörper Nirsevimab. Die STIKO empfiehlt die RSV-Prophylaxe seit Herbst 2024 für alle Neugeborenen und Säuglinge in ihrer ersten RSV-Saison, um schwere Verläufe zu verhindern.
Mehr Informationen zur Publikation im Ärzteblatt und zur RSV-Prophylaxe findet ihr hier: rki.de/rsv Etwas gelernt? Lasst uns ein Like da. Speichert es euch. Teilt es.
Dank RSV-Prophylaxe sind die Fälle bei Säuglingen stark zurückgegangen:
👶 Im Winter 2024/25 lag die Inzidenz 54 % niedriger als im Vorjahr
🏥 Hospitalisierungen sanken um 55 %
Mehr dazu in der Publikation im Ärzteblatt:
👉 www.aerzteblatt.de/search/resul...
🌍🧬 We’re hiring a Scientist (Bioinformatics) to work at the intersection of PH & genomics. The role bridges our Center for International Health Protection & Genome Competence Center in the “Health Security Partnership for Africa” project.
🔗 Apply 31 Aug www.interamt.de/koop/app/ste...
CoVerage detects and characterizes SARS CoV 2 variants of interest by real-time lineage tracking and antigenic alteration scoring.
#GenomicSurveillance #COVID19 #VariantPrediction
👤EVBC: Martin Hölzer, Alice McHardy
🔗
📢 New paper: Targeted decontamination of sequencing data with CLEAN
We introduce CLEAN, a reproducible pipeline for removing spike-ins, host DNA, and rRNA from short & long sequences.
💡 Fast, reproducible, scalable.
Read the paper: doi.org/10.1093/narg...
Code & docs: github.com/rki-mf1/clean
Happy that the LaTeX template I created for DFG proposals is being used! 🎉
Just heard from someone in data engineering who got funded using it (🎯 content matters most, but hey, layout helps too 😄)
See: github.com/hoelzer/dfg
Also loving the community input via PRs & issues! 💙
Proud to share our latest paper on next-gen sequencing in Greek PAD patients. This project began when Achilleas joined my lab through Erasmus — now I'm honored to serve on his PhD committee!
Continued Greek-German collaboration at its best 🇬🇷🇩🇪
www.mdpi.com/2673-5601/5/...
#Genetics #Immunology
An image showing the ARTIC and Pathoplexus logos connected by blue lines, with the text "Hiring: post-doc/software engineer" and "Global open-source pathogen tools" and "Join Swiss TPH, Work on ARTIC2 and Pathoplexus, Basel, Switzerland"
📢New job posting!📢
Are you excited by the idea of building global infrastructure to make pathogen sequencing more accessible, interpretable, and equitable? 🧑🏻💻🧬
My group at @swisstph.ch has an opening working with ARTIC2, @pathoplexus.org, & Loculus - read on!
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🚨 New in Nature Communications!
CoVerage (sarscoverage.org) enables early in silico detection of emerging SARS-CoV-2 variants.
Led by Helmholtz Centre for Infection Research, driving innovation in genomic surveillance.
🔗 www.nature.com/articles/s41...
#GenomicSurveillance
Recently I learnt that EMBL-EBI has a free online course about AlphaFold — how it works, strengths and limitations, how to use it — and it's very good!
There are also little quizzes and interactives.
www.ebi.ac.uk/training/onl...
Some great new features and updates from the awesome Pathoplexus project. This is a new open pathogen genome database that can provide access to your sequences under a use-restricted license but also feed directly in to INSDC (EBI, Genbank etc) when you are ready. pathoplexus.org/news/2025-07...
15.07.2025 14:05 — 👍 45 🔁 24 💬 1 📌 1Oh great!
11.07.2025 13:39 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0
When you like krona check out sankey! :)
Nice app where you can upload kraken report-styled classifications: github.com/fbreitwieser...
I implemented a (simple) sankey script (expect weird behavior): github.com/hoelzer/sankey
Yep, and then throwing the output of multiple samples on MultiQC
07.07.2025 07:34 — 👍 2 🔁 0 💬 0 📌 0
Update zu Poliofunden im Abwasser
Aktuelle Situation In den vergangenen Wochen wurden in Abwasserproben wieder Polioviren nachgewiesen, die vom Schluckimpfstoff abgeleitet sind (cVDPV2). Die Nachweise stammen aus Abwasserproben aus mehreren Kalenderwochen und von mehreren Standorten, darunter Dresden, Mainz, München und Stuttgart. Genomsequenzierungen haben ergeben, dass die aktuell detektierten Polioviren zum selben europäischen Cluster gehören wie die Ende 2024/Anfang 2025 in Abwasserproben aus Spanien, Polen, Deutschland, Finnland und dem Vereinigten Königreich nachgewiesenen Viren. Dem RKI wurden bislang keine klinischen Fälle von Poliomyelitis (Kinderlähmung) übermittelt.
Was bedeuten die Virusnachweise und wer kann erkranken? Die Virusnachweise sind ein Zeichen dafür, dass es Menschen im Einzugsgebiet von Klärwerken gibt, die mit cVDPV2 infiziert sind und den Erreger mit dem Stuhl ausscheiden. Menschen, die vollständig gegen Poliomyelitis geimpft sind, erkranken zwar nicht, können sich aber infizieren und zur Verbreitung des Erregers beitragen. Nicht oder nicht vollständig geimpfte Menschen, die sich mit cVDPV2 infizieren, können in seltenen Fällen an Poliomyelitis erkranken.
Was wichtig ist Eine vollständige Poliomyelitis-Impfung ist der wichtigste Schutz vor der Erkrankung. Insbesondere sollten die impfenden Ärztinnen und Ärzte sowie Eltern darauf hinwirken, dass im ersten Lebensjahr ein vollständiger Impfschutz gegen Poliomyelitis gemäß den STIKO-Empfehlungen aufgebaut wird. Eventuell bestehende Impflücken im Kindes- und Jugendalter sollten zeitnah geschlossen werden. Um Menschen, die cVDPV2 ausscheiden oder gar an Poliomyelitis erkrankt sind, frühzeitig zu erkennen, sollten Ärztinnen und Ärzte sowie medizinische Labore auch die Nationale Enterovirus-Surveillance nutzen.
In den vergangenen Wochen wurden in Abwasserproben erneut #Polioviren nachgewiesen, die vom Schluckimpfstoff abgeleitet sind.
☑️ Wo Viren nachgewiesen wurden
☑️ Wer erkranken kann
☑️ Warum #Impfschutz wichtig ist
☑️ Was Ärztinnen, Ärzte und Eltern wissen sollten
Details im #EpidBull
🔗 rki.de/epidbull
🚀 We've updated RNAflow – our pipeline for differential gene expression analysis – to include the latest SortMeRNA for improved rRNA removal!
This also resolves recent bugs reported by users.
🔬 Looking for a reproducible & comprehensive transcriptome analysis pipeline?
👉 github.com/hoelzer-lab/...
🚨 Preprint!
We've adapted SARS-CoV-2 wastewater surv to track the 2022 #mpox outbreak in Germany using a novel NGS panel 🧪
✅ Up to 90% MPXV genome coverage
🧬 Lineage B.1 + APOBEC-type mutations
📍 Wastewater = stigma-free surveillance
Led by @tuda.bsky.social - check it out:
🔗 shorturl.at/aMv97
🚨 New Perspective in Nature Water 🚰💻
"Augmenting wastewater epidemiology with machine learning" 🧠🌍
A huge interdisciplinary collab w/ amazing colleagues @rki.de & beyond! 🙌
Special thx to lead author PhD student Eva & shared last Christopher for this effort!
🔗 www.nature.com/articles/s44...
NIH funding supporting the HMMER and Infernal software projects has been terminated. NIH states that our work, as well as all other federally funded research at Harvard, is of no benefit to the US.
22.05.2025 12:42 — 👍 286 🔁 232 💬 37 📌 46Huge credit goes to Jonas, the main developer, who brought this collaboration together — also big thanks to my colleagues at the Robert Koch Institute supporting wet and dry lab development!
09.06.2025 12:31 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0
🚀 Excited to share our NatComm paper on varVAMP – a open-source tool for degenerate primer design in viral genome seq & qPCR!
🔬 Supports diverse viruses SC2, HEV, Polio ...
🤝 Built in collaboration with amazing virus experts
🔗 github.com/jonas-fuchs/varVAMP
🧬 nature.com/articles/s41467-025-60175-9
Oh come on GISAID. And that's why we need data portals that are free and open - especially when it comes to monitoring pathogens with genomic data. Such as Pathoplexus (Awesome initiative! www.nature.com/articles/d41...).
30.05.2025 10:08 — 👍 1 🔁 0 💬 0 📌 0
