Bioinfo GenoToul Facility @bioinfo-genotoul

Journee Bioinfo/Biostat GenoToul - Sciencesconf.org

La journée régionale bioinfo/biostat affiche complet !
Le programme est en ligne : bioinfo-biostat.sciencesconf.org/program?lang...
A très vite !

19.10.2025 06:54 — 👍 3 🔁 2 💬 0 📌 0

n°44 - septembre 2025 - Genotoul Bioinfo Info

Voici notre Newsletter n°44 nouvelle formule : vm-genoword.toulouse.inrae.fr/FAQ/about-us...
On espère que vous allez aimer !

25.09.2025 19:57 — 👍 2 🔁 0 💬 0 📌 1

Journee Bioinfo/Biostat GenoToul - Sciencesconf.org

Attention plus que deux jours pour soumettre un résumé à la journée bioinfo/biostat !
Toutes les informations sont ici : bioinfo-biostat.sciencesconf.org?lang=en

17.09.2025 06:42 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

Stage bioinfo (niveau M2) sur le centre INRAE Occitanie-Toulouse dans le cadre d'un projet entre BeeGEES (GenPhySE) et @bioinfo-genotoul.bsky.social (MIAT) sur la métagénomique fonctionnelle appliquée aux micro-organismes associés aux miels
🍯🐝 🧬🧑‍💻
+ d'infos: thibaultleroyfr.github.io/pdf/Proposit...

14.09.2025 18:43 — 👍 3 🔁 4 💬 0 📌 1

Command line training - genotoul-bioinfo The GenoToul bioinformatics platform, Sigenae and SaAB (MIAT) offers a catalog of training sessions. If you need bio-informatic training on tools which are not covered in the existing catalog please f...

Les cycles d'apprentissage de l'automne sont ouverts aux inscriptions : bioinfo.genotoul.fr/index.php/tr...
Nous ferons les traditionnelles sessions Linux, Cluster, sed/awk, RNASeq, utiliser un workflow nextflow, le one line perl (proposé par Sigenae) et la détection de variants (Sigenae).

18.07.2025 20:28 — 👍 2 🔁 1 💬 0 📌 0

Journee Bioinfo/Biostat GenoToul - Sciencesconf.org

La journée régionale Bioinfo/Biostat aura lieu le jeudi 6 novembre 2025.
à INRAE, Auzeville, salle de conférence du pôle PABS-B
Dates limites :
Soumission de résumé : 19 septembre 2025
Inscriptions : 25 octobre 2025
Pour vous inscrire et soumettre votre résumé :
bioinfo-biostat.sciencesconf.org

18.07.2025 20:25 — 👍 2 🔁 2 💬 0 📌 0

The latest poster presented by the genotoul-bioinfo platform at #jobim2025 focused on a web interface called snoBoard developed to explore non-coding RNA modifications.
The discussions were rich.
We look forward to talking to you again at another event!

10.07.2025 12:18 — 👍 2 🔁 0 💬 0 📌 0

Yesterday 2 more posters were presented in #jobim2025.
Aldair Martinez presented his poster on the recombination of the avian influenza virus and Christophe Klopp presented the work of Adela Poublan-Couzardot on the assembly of Medicago sativa. We have another poster today number 194 about Snoboard.

10.07.2025 07:54 — 👍 7 🔁 1 💬 0 📌 0

genotoul-bioinfo / Pan1c / Pan1c · GitLab GitLab Community Edition

Martin Racoupeau also presented a poster about Pan1c: forge.inrae.fr/genotoul-bio... at #jobim2025.

10.07.2025 07:50 — 👍 2 🔁 1 💬 0 📌 0

poster avec le nom des membres de la plateforme, un exemple de workflow développé, un exemple d'interface graphique développée et la BGES du cluster ainsi que de chiffres présentant notre activité (sur l'infrastructure, et les projets et les cycles d'apprentissage)

Yesterday at #jobim2025 we presented a poster outlining the services offered by the genotoul-bioinfo facility: computing and storage infrastructure, project support, training and tools development, etc. Thanks to everyone who came along to talk to us!

09.07.2025 05:08 — 👍 11 🔁 2 💬 0 📌 0

Administrateur.trice système DevOps Le profil s'inscrit dans le cadre du projet Equipex+MUDIS4LS (Mutualised Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences), porté par l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) afin de contribuer au partage et à la mutualisation entre les plateformes constitutives du NNCR (Réseau national de ressources informatiques) et à l'administration de l'infrastructure de calcul de Genotoul-Bioinfo.L'IFB est une infrastructure nationale qui regroupe 28 plateformes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-core (UAR3601).Ces plateformes offrent un ensemble de services à destination des chercheurs en biologie et santé : expertise en analyse de données scientifiques, formations et infrastructures de calcul (clusters et clouds).La task-force mutualisée NNCR est en charge de la gestion de l'infrastructure de calcul de l'IFB.Elle est composée des administrateurs systèmes des plateformes IFB qui consacrent une part de leur temps pour aider à améliorer collectivement les services et infrastructures de l’IFB.Vous serez hébergé·e sur la plateforme Genotoul-Bioinfo (membre de l’IFB), dans l'unité Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT) d’INRAE Occitanie-Toulouse. Cette unité développe des recherches en mathématique, informatique et statistique, motivées par des applications en biologie, agronomie, écologie et science de l'environnement.A hauteur de 80% de votre temps, vous inscrirez vos travaux dans le projet PIA3 MUDIS4LS et l’équipe de l'action IFB M1 - Calcul et stockage (NNCR), composée de 19 membres (6,2 ETP) répartis sur plusieurs plateformes et sites du réseau IFB et sur les deux types d’infrastructure (Cloud et Cluster).Le NNCR (National Network for Computing Resources) regroupe en effet 18 infrastructures Cloud ou Cluster pour les sciences de la vie offrant au total environ 16 000 CPU, 160 To de RAM et 18 Po de stockage. Pour assurer le déploiement et la gestion de cette infrastructure, les administrateurs se portent sur les principes DevOps / Infrastructure-as-Code (IaC) : Git, GitLab-CI et Ansible.Vos missions principales seront de travailler à la mise en place de solutions mutualisées et portables entre les infrastructures comme une solution de transfert de données à grande échelle (de type Globus), un mécanisme d’authentification unifié des utilisateurs au travers du NNCR ou encore un système de déploiement d’outils de bioinformatique et de banques de données mutualisé.A hauteur de 20% de votre temps, vous travaillerez pour l’infrastructure de la plateforme Genotoul-Bioinfo, composée d’un cluster de calcul (+5000 cœurs, plusieurs Péta-octets de stockage), d’une centaine de serveurs et de machines virtuelles (sous Linux). Elle propose également plusieurs centaines de logiciels et de banques de données scientifiques accessibles en ligne de commande ainsi que différentes interfaces web proposant un accès simplifié à ces ressources.Cette infrastructure de production est dédiée et adaptée au traitement de données en bioinformatique et s’adresse à la communauté académique (éducation et recherche) en science du vivant (+1100 utilisateurs). Sur la plateforme Genotoul-Bioinfo, votre première mission sera de déployer et maintenir en condition opérationnelle le service Open OnDemand (OOD) par l’intégration d’applications existantes ou de nouvelles pour répondre aux besoins des utilisateurs.Votre lieu de travail sera situé à INRAE, Auzeville-Tolosane (31).Vous serez formé-e à votre arrivée aux outils et techniques mis en œuvre au sein d'une infrastructure de calcul scientifique.

Nous recrutons en CDD niveau Ingénieur d'étude un ou une Administrateur.trice système DevOps sur un poste 80% IFB-core et 20% GenoToul-Bioinfo.
Les détails du poste et les modalités de candidature sont ici :
A très bientôt dans notre équipe !

12.06.2025 16:24 — 👍 4 🔁 1 💬 0 📌 1

Journée Régionale GenoToul Bioinfo/Biostat le jeudi 6 novembre 2025.
Lieu : INRAE, Auzeville, salle de conférence du pôle PABS-B.
Pour vous inscrire et soumettre votre résumé :

Au plaisir de vous y retrouver!

28.04.2025 08:59 — 👍 1 🔁 0 💬 0 📌 0

Cette newsletter est dédiée aux réponses à vos remarques et questions remontées via notre dernier questionnaire de satisfaction annuel. Merci à tous de vos réponses qui nous aident à améliorer les services que nous vous proposons.

29.03.2025 06:43 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

Ingénieur-e statisticien-ne pour données multi-omiques IR25-MATHNUM-1 - La plate-forme bio-informatique Genotoul est une équipe de l'Unité MIAT (Mathématiques et Informatique Appliquées INRAE Toulouse). Elle est un membre actif du GIS Genotoul et contribue à développer les ressources nécessaires aux avancées des programmes scientifiques, accompagne les collaborateurs biologistes pour leurs analyses ainsi que les plates-formes de production de données sur l'hébergement de leurs systèmes d'information. Elle contribue à l'animation scientifique et à la formation en informatique, bioinformatique et statistique. Elle est équipée d'une infrastructure matérielle et logicielle adaptée et performante pour la communauté bio-informatique. En 2024, elle héberge près de 1050 comptes utilisateurs, maintient plus de 800 logiciels du domaine, et met à jour régulièrement plus de 140 banques de données. Elle contribue aux projets de recherche par l'industrialisation de certains traitements (RNAseq, assemblage, annotation et métagénomique), l'accompagnement à la mise en oeuvre de nouvelles technologies dans le cadre de projets innovants et le soutien à la résolution de questions spécifiques nécessitant des développements originaux. Vous serez en charge de répondre aux besoins croissants concernant l’analyse et l’intégration de données omiques multi-échelles. Vous interviendrez en particulier dans les projets dont la complexité du plan expérimental ou du type de données acquises nécessite une expertise en statistique. Vous serez aussi en charge de développer des outils et des méthodes d'analyses statistiques et de modélisation à partir de jeux de données hétérogènes issues d'analyses phénotypiques (éventuellement haut débit), transcriptomique, protéomique, métabolomique, etc. acquises sur les mêmes individus pour automatiser certaines analyses statistiques récurrentes, qu’elles soient standard ou avancées. En outre, vous interviendrez sur :- la formation en statistique et plus généralement en « data science » (incluant des aspects de programmation) des biologistes du centre INRAE Toulouse Occitanie ;- la formation aux bonnes pratiques de programmation avancée R ;- l’appui aux biologistes sur l'intégralité du cycle de vie de la donnée ;- la veille scientifique pour l’intégration de données et l’analyse des nouveaux types de données qui seront produites par le séquençage haut-débit dans les prochaines années ;- la définition des procédures qualité liées à ces activités, leur rédaction et leur mise en œuvre.

Nous recrutons au concours externe un IR en statistique pour données multi-omiques. Le profil et les informations pour candidater sont ici :
Peut-être à bientôt dans notre équipe !

24.02.2025 15:00 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

Rechercher une offre d'emploi | INRAE JOBS Rechercher une offre d'emploi

La plateforme GenoToul Bioinfo recrute un.e CDD Bioinfo pour travailler sur 2 projets de métagénomique. Plus d'informations ici :
N'hésitez pas à candidater pour rejoindre notre équipe !

11.02.2025 17:11 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

Comme déjà communiqué par mail à nos utilisateurs : nous vous rappelons le prochain arrêt de production du cluster de calcul genobioinfo pour maintenance (préventive) le lundi 13 janvier 2025 à partir de 8h pour une durée approximative de trois jours. Merci de votre compréhension

10.01.2025 14:47 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

🍾Toute l'équipe de la plateforme Genotoul Bioinfo vous souhaite une très belle année 2025 !🍾

04.01.2025 22:01 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

Command line training - genotoul-bioinfo The GenoToul bioinformatics platform, Sigenae and SaAB (MIAT) offers a catalog of training sessions. If you need bio-informatic training on tools which are not covered in the existing catalog please feel free to contact...

Les cycles d'apprentissages du printemps sont en ligne : Linux, Cluster, sed & awk et 3 jours sur la métagénomique.
Toutes les informations sont ici :

21.12.2024 13:50 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

La plateforme GenoToul Bioinfo vous souhaite de joyeuses fêtes de fin d'année. Nous en profitons pour vous rappeler qu’il n’y aura pas de support informatique entre le 25/12 et le 03/01. A bientôt !

21.12.2024 13:47 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

Project - genotoul-bioinfo Bioinfo Genotoul can help you to process and analyze your data. We can process data for you or teach you how to do it, but you’ll need to analyse the results to make sense...

Quick reminder : Bioinfo Genotoul can help you to process and analyze your data. We can process data for you or teach you how to do it. To request a collaboration or a quote for your project, please use the following form :

04.12.2024 13:23 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

Demain et après-demain nous aurons nos journées bioinfomics. Pour plus d'info sur ce qu'est bioinfomics : . La matinée du 5 déc. sera consacré à l'AG puis il y aura un séminaire sur la pangénomique et le 6 déc. un atelier sur le même thème. @Bioinf0mics

04.12.2024 13:20 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

GitHub - genotoul-bioinfo/Binette: A fast and accurate binning refinement tool to constructs high quality MAGs from the output of multiple binning tools. A fast and accurate binning refinement tool to constructs high quality MAGs from the output of multiple binning tools. - genotoul-bioinfo/Binette

🎉 Binette is now published in @JOSS_TheOJ ! Binette is a bin refinement tool that creates high-quality MAGs from multiple binning tools. Inspired by MetaWRAP bin refinement but faster and more accurate 🎯 Check out its Github

07.10.2024 14:38 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

How to run a nf-core nextflow workflow on genotoul ? - genotoul-bioinfo 01/12/2025 @ 9 h 00 - 17 h 00 - This training session is organized by the Genotoul bioinfo platform and aims at learning nf-core workflow submission, error understanding, resuming jobs and ressource reservation. We will present and practice: the Nextflow software the nf-core community and pipelines What is a singularity image ? Where are installed the nf-core workflows ? Which version do I use [...]

Retour du cycle d'apprentissage : How to run a nf-core nextflow workflow on genotoul ?
Le 12 novembre 2024 dans nos locaux, plus d'infos ici :

Inscrivez-vous vite si vous êtes intéressés !

06.10.2024 19:43 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

A Receptor Like Cytoplasmic Kinase evolved in Aeschynomene legumes to mediate Nod-independent rhizobial symbiosis Many plants interact symbiotically with arbuscular mycorrhizal (AM) fungi to enhance inorganic phosphorus uptake, and legumes also develop a nodule symbiosis with rhizobia for nitrogen acquisition. Establishment and functioning of both symbioses rely on a common plant signaling pathway activated by structurally related Myc- and Nod-factors. Recently, a SPARK Receptor-like-Kinase (RLK)/Receptor-like Cytoplasmic Kinase (RLCK) complex was shown to be essential for AM in both monocot and dicot plants. Here, we show that in Aeschynomene legumes the RLCK component of this receptor complex has evolved following a gene duplication event and mediates a unique nodule symbiosis that is independent of rhizobial Nod factors. In Aeschynomene evenia , AeRLCK2 is crucial for nodule initiation but not for AM. Additionally, AeRLCK2 physically interacts with and is phosphorylated by the Cysteine-rich RLK, AeCRK, also required for nodulation. This work reveals a novel evolutionary origin of this Nod-independent symbiosis from AM. ### Competing Interest Statement The authors have declared no competing interest.

Our latest pre-print articles:
metagWGS:
Binette:

A Receptor Like Cytoplasmic Kinase evolved in Aeschynomene legumes to mediate Nod-independent rhizobial symbiosis

20.09.2024 09:56 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

Command line training - genotoul-bioinfo The GenoToul bioinformatics platform, Sigenae and SaAB (MIAT) offers a catalog of training sessions. If you need bio-informatic training on tools which are not covered in the existing catalog please feel free to contact...

Attention plus que quelques semaines pour vous inscrire : cycles d'apprentissage de l'automne : sed/awk, linux, cluster, détection de variants, lancer un workflow nextflow et introduction à Python pour la bioinfo : toutes les infos ici :

04.09.2024 07:31 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

Command line training - genotoul-bioinfo The GenoToul bioinformatics platform, Sigenae and SaAB (MIAT) offers a catalog of training sessions. If you need bio-informatic training on tools which are not covered in the existing catalog please feel free to contact...

Les cycles d'apprentissages de l'automne sont ouverts aux inscriptions : seq/awk, Linux, Cluster, la détection de variants, le lancement des workflows nf-core, et notre toute nouvelle session "introduction à Python" :

04.06.2024 07:23 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

Développeur·se logiciel en alternance (M1-M2) | SFBI Société Française de Bioinformatique Emploi en bioinformatique à Toulouse Apprentissage Stage autre

Nous recrutons un.e stagiaire en alternance en développement logiciel, toutes les infos sont ici :

27.05.2024 08:46 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

Journée Régionale GenoToul Bioinfo/Biostat le jeudi 7 novembre 2024
Toutes les informations pour vous inscrire et soumettre votre résumé sont sur ce site :

A bientôt !

02.05.2024 13:18 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

Notre toute nouvelle lettre d'informations est téléchargeable ici :
Bonne lecture !

26.04.2024 14:54 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

Vous trouverez sur cette page : , le planning des formations proposées par la plateforme Genotoul Biostat pour 2024. Ces formations couvrent un grand nombre de sujets en Statistique et d'initiations au logiciel R.

11.04.2024 19:46 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

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