Myloasm: ナノポアリードとHiFiリードの両方に対応したde novoメタゲノムアセンブラー
Nanopore R10 simplexリードとPacBio HiFiリードに対応したde novoメタゲノムアセンブラー myloasm に関する記事を作成しました。
導入から実行・簡単なデータQCまで実施しています。
#はじ環
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26.10.2025 16:42 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0
Kaijuによる生物種推定
主にバクテリアやアーキア、ウイルスを対象に、タンパク質配列を用いた生物種推定を行う系統分類ツール Kaijuを使ってみたという記事を作成しました。
インストールから実行、簡単な視覚化までを実施しています。
#はじ環 #zenn
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19.08.2025 12:25 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0
Nextflowの勉強2
また、合わせてワークフローツールのNextflowについてちょっと勉強した記事、第二弾を作成しました。
configファイルについてと、自作singularityコンテナイメージを使ったワークフローの実行についてです。興味がありましたら見てみてください。
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#はじ環 #zenn
06.05.2025 16:44 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0
Nextflowの勉強1
ワークフローツールのNextflowについてちょっと勉強した記事を作成しました。
機能多すぎて必要なところだけ簡単にさらった程度ですが興味があれば見てみてください。
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#はじ環 #zenn
06.05.2025 16:44 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0
SqueezeMeta v1.7.0: 多機能なメタゲノム解析パイプライン
アセンブリベースのショットガンメタゲノムパイプライン SqueezeMetaがv1.7.0に更新されていたので環境構築から、最新のGTDBを使った実行、簡単なオプションの確認をしてみた記事を作成しました。
#はじ環 #zenn
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26.04.2025 14:07 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0
GenomeFace: 43,000個の微生物ゲノムでトレーニングされたディープラーニングベースのメタゲノムビナー
ディープラーニングをベースとしたビニングツールであるGenomeFaceを動かしてみた記事を作成しました。
原著論文やベンチマーク論文では、高速に高精度なBinを生成しており着目するに値するツールだと思います。
#はじ環
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23.03.2025 23:31 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0
GeMoMa: リファレンスの遺伝子構造情報などから相同性に基づき対象種の遺伝子を予測してアノテーションする
ホモログ(相同遺伝子)活用して、リファレンスゲノム配列と既知のアノテーション情報から新規ゲノム配列の遺伝子構造を予測することができるGeMoMaを動かしてみた記事を作成しました。
1Gbp未満のアユゲノムで5時間程度の実行時間に収まりました。
#はじ環
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05.12.2024 00:47 — 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0
