@kotapub.bsky.social
三浦耕太 フリーランスの生物画像解析研究者。「Imagejではじめる生物画像解析」共著者です。英語はkbias.bsky.social 自己紹介のインタビュー：https://doi.org/10.1242/jcs.261906 2017-2024の投稿は旧twitter(@kotapub)からの移行。
採用、とはいえ、試行期間です。プロベーションですな。試行を経て、本格採用、という流れ。
23.06.2025 06:39 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0引用：In practice, we will ask our authors to fill out a detailed reporting checklist for their light microscopy data at the first round of revision, which will then be assessed by reviewers during the second round of review. … 以下省略
23.06.2025 06:37 — 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0Quarepで作った画像データ・解析の出版のためのチェックリスト、簡易化したものがNatureのジャーナル群で採用されました。ちとこれはマイルストーン。https://www.nature.com/articles/s41592-025-02738-8
23.06.2025 06:37 — 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0会議後半のシンポジウムの内容について追記しました。
wiki.cmci.info/blogtng/2025...
#GloBIAS
生物画像解析の国際会議であるGloBIAS2025神戸の宣伝、断片的な連続投稿になってしまったので、以下にまとめました。ぜひ、関心のあるかたに転送してください。登録の締切は6/15です。
wiki.cmci.info/blogtng/2025...
というわけで、この投稿を見た方はぜひとも周囲の生物画像解析に関心の有りそうなかたにお知らせください。
bit.ly/GloBIAS2025-...
登録者の数は今のところ順調に伸びていますが、日本国外からの登録が殆どで、日本国内からの登録がとても少なく、せっかく日本での生物画像解析のイベントなのでちと残念に思っています。私も関わっている東アジアの生物画像解析ネットワークEABIAS(eabias.github.io) の発表などもあるので、この機会にメンバーと知り合い、加入することもできます。
19.05.2025 06:16 — 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0
シンポジウムはトークが中心ですが、Open Source Software Loungeという、生物画像解析のさまざまなオープンソースのツールの開発者がラップトップを持ち込んで参加者と自由に交流する企画や、参加者が課題を持ち込んでその場で他の参加者（猛者多数）たちに解決のアドバイスを貰うcall4helpといったほかでは見られない企画もあります。
19.05.2025 06:16 — 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0講習会はPython-napariを使った講習会になります。NEUBIASで恒例化したこうしたマルチプレックスな会議をヨーロッパの外でやるのは初の試みですが、理研の大浪研の方々を中心とするチームがとても頑張ってくれていて開催準備は順調にすすんでいます。
19.05.2025 06:16 — 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0タガソンは、数年ぶりの開催になるので、その間に登場したさまざまな生物画像解析のツールやライブラリをBIII（https://biii.eu/）整理することが活動の中心になります。
19.05.2025 06:16 — 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0ハッカソンとタガソンは自由に往来可能です。ハッカソンは２つのグループがあります。1) BIAFLOW（https://biaflows-sandbox.neubias.org/#/）とOmero-SSBD( ssbd.qbic.riken.jp )を繋げる。2) napariの開発（napariのコアチーム napari.org/%EF%BC%89
19.05.2025 06:16 — 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0講習会に登録すると、後半のシンポジウムにも自動的に登録されます。通常は後半のシンポジウムにだけ登録になります。この場合、前半のハッカソンやタガソンに任意で参加することもできます。講習会の参加者は、時間的にかぶるのでハッカソンやタガソンには参加できません。
19.05.2025 06:16 — 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0複数のイベントが組み合わさっているので、少し解説すると、10月26日から31日までの会議は前半と後半に別れています。前半（26-29）は講習会、ハッカソン、タガソンが並行して開催されます。後半（29-31）はトーク中心のシンポジウム。
19.05.2025 06:16 — 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0
神戸のGloBIAS2025会議は、講習会、シンポジウム、ハッカソン、タガソンのいずれも登録の締切が6月15日まで伸びました。
www.globias.org/activities/b...
先月発行した書籍『型で実践する生物画像解析 ImageJ・Python・napari』の執筆者の多くが関わるGloBIASによる国際的な生物画像解析学会（トレーニングスクール，ハッカソン，シンポジウムなど）が，10月に理研神戸キャンパスで開催されます．詳細はリンク先をご覧ください．
www.globias.org/activities/b...
トランプ政権の予算削減で、ＮＩＨの女性を対象にした大規模な医療プログラム「Women’s Health Initiative」が終了へ。30年以上前から取り組んできた薬剤の臨床試験や、乳がんや骨粗鬆症の予防研究など世界をリードしてきた女性の健康研究が軒並み続けられなくなるそうです💔
NIH cancels its first and largest study centered on women | Science | AAAS www.science.org/content/arti...
Programme in short:
13th June 2025
09:30 - 10:00 - Registration
10:00 - 10:30 - Welcome and self-introduction
10:30 - 12:00 - Technical session and tool showcase
12:00 - 13:00 - Lunch
13:00 - 14:00 - How to organise bioimage analysis workshops
6/n
Do you train people in bioimage analysis? Check out this great “train the trainers” workshop and sign up!
15.04.2025 09:05 — 👍 1 🔁 3 💬 0 📌 0Ready to step into bioimage analysis in Python? The course mastermind 🧠 has just launched a new course:
17.04.2025 12:11 — 👍 2 🔁 1 💬 0 📌 0In this week’s preprint list, we focus on the latest research in bioimage analysis and data management.
Let us know if we are missing any recent preprints that you enjoyed.
#bioimageanalysis #datamanagement
日本でやるのはしばらくないと思うので、この機会にぜひともご参加ください。
16.04.2025 20:01 — 👍 1 🔁 0 💬 0 📌 0生物画像解析の国際カンファレンスGloBIAS Conference 2025を10月に神戸で開催します。以下のサイトに詳細がありますが、講習会、ハッカソン、タガソンとシンポジウム（トーク、ポスター、ソフトウェアラウンジ、call-4-helpという「救命救急」セッション）を組み合わせたマルチプレックスな会議。https://bsky.app/profile/globias.bsky.social/post/3lmxdvetfd22b
#GloBIAS #生物画像解析
If you train people in ImageJ, Fiji, whatever, even if it isn't your day job, please let us know, and please share this post! Thanks a ton, we really appreciate it. (2/2) forms.gle/C8dUpg8qZkbD... #bioimaging #microscopy #bioimageanalysis
08.04.2025 14:32 — 👍 31 🔁 42 💬 1 📌 1
I tricked ChatGPT into helping me create an #ImageJ macro language extension to create/process data in the XML format. It's available here for anyone to use: github.com/mutterer/XML...
31.03.2025 12:09 — 👍 9 🔁 3 💬 1 📌 0
型で実践する生物画像解析 ImageJ・Python・napari 実験医学別冊 が、紀伊國屋電子書籍ストアで販売開始されました。
5leaf.jp/kinokuniya/dsg-08-EK...
"Cell-estial bloom" Image from Özge Özgüç: A ‘Cell-estial bloom’ of human induced pluripotent stem cells (hiPSCs) flourishes on a micropatterned island. This image presents a colony of live hiPSCs, with fluorescently labelled Lamin B delineating the nuclear lamina within each cell. Acquired with a Zeiss LSM 880 Airyscan microscope, this maximum intensity projection is enhanced with depth-coded coloring to reveal the captivating three-dimensional landscape.
"Dancing actinotroch" by Allan Carrillo-Baltodano: Actinotroch larva of a phoronid worm with phalloidin shown in yellow and acetylated tubulin in magenta. Imaged with a Zeiss LSM 800 at 10 x magnification.
"Who’s active?" by Julia Peloggia de Castro: The image depicts a zebrafish embryo at 9 hours post-fertilisation on a lateral view. Cells are stained with MitoTracker, which labels active mitochondria, and cell membranes are labelled in cyan with a EGFP transgenic membrane tag. Image was taken using a 20x objective on a spinning disk confocal microscope.
🎉Congratulations to the Top 3 images from the Node–FocalPlane image competition!
1️⃣"Cell-estial bloom" by @oozguc.bsky.social
2️⃣"Dancing actinotroch" by @allancarbal.bsky.social
3️⃣"Who’s active?" by @jupeloggia.bsky.social
thenode.biologists.com/results-from...
@focalplane.bsky.social #biologists100
昨今の世界情勢と国民国家の危うい状況に、なにか全く別の視点で参考になる本はないかなー、と見回して、これに行き当たった。とりあえず積読にすることにした。
books.kobunsha.com/book/b101252...
グレーバー『万物の黎明』 ”私たちの祖先は、自由で平等な無邪気な存在（byルソー）か、凶暴で戦争好きな存在（byホッブズ）として扱われてきた。そして文明とは、本来の自由を犠牲にする（byルソー）か、あるいは人間の卑しい本能を手なずける（byホッブズ）ことによってのみ達成されると教えられてきた。実はこのような言説は、18世紀、アメリカ大陸の先住民の観察者や知識人たちによる、ヨーロッパ社会への強力な批判に対するバックラッシュとして初めて登場したものなのである。” アマゾンの紹介文より
26.03.2025 08:34 — 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0本屋さんの書架にも並んだみたいです。https://twitter.com/IgakuJ/status/1904516884105744549
26.03.2025 08:10 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0
