Valentin Loux

Graphic celebrating a milestone for the Galaxy Training Network. Large text at the top reads “Congratulations to the Galaxy Training Network on 500+ tutorials!” Below is a screenshot of the Galaxy Training Hall of Fame page showing statistics: 517 contributors, 35 topics, 501 tutorials, and 10.6 years. The “501 tutorials” box is highlighted with a red starburst. A world map with contributor locations appears beneath the statistics.

🎉 Time to celebrate! The Galaxy Training Network just passed 500 tutorials!
Free. Open. Community-built. Reproducible.
Powered by 500+ contributors worldwide, making data analysis accessible to everyone.
Be sure to check out this amazing team and the GTN, here: training.galaxyproject.org

Vous codez en R et souhaitez adopter le package #Tidyverse pour manipuler vos données de façon plus poussée ?
👉 Notre cycle de formation vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas (78)
📅 30-31 mars 2026.
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Vous avez besoin de vous former à #Linux ?
👉 Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’1 jour à Jouy-en-Josas
📅 1er avril 2026
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Logo MERIT SFBI

📌 Enquête MERIT-SFBI sur les conditions de travail des bioinformaticien·ne·s dans les instituts de recherche, universités, établissements d’enseignement et recherche, secteur associatif ou privé

📎 framaforms.org/enquete-meri...

⏳ temps estimé : 20 minutes
📅 date limite de réponse : 31/03/2026

[LAST CALL] 📢🚨✍️ École thématique d’assemblage et annotation de génomes et métagénomes, organisée par l'
@ifb-elixir-fr.bsky.social @inserm.fr @inrae-france.bsky.social
Pré-inscriptions ouvertes jusqu’au 20 février !

A reference-free pipeline for detecting shared transposable elements from pan-genomes to retrace their dynamics in a species - Genome Biology Background The role of transposable elements (TEs) in host adaptation has gained interest in recent years. Individuals of the same species undergo independent TE insertions, providing genetic variabil...

🚨📢📄 Article in press in Genome Biology doi.org/10.1186/s130...
We introduce panREPET, a reference-free pipeline to detect shared transposable element (TE) insertions across pangenomes and retrace their evolutionary dynamics #TEsky 🧵👇

Toujours le même constat et aucune action : « Le 2 février, 6 040 personnes qui étaient parvenues à joindre le 115 ont été laissées sans solution d’hébergement, soit 10 % de plus qu’à la même date en 2024. Parmi elles, 1 793 étaient des enfants – dont 390 âgés de moins de trois ans »

Logo JOBIM2026 Strasbourg

📌 #JOBIM2026 - Strasbourg (jobim2026.sfbi.fr)

📝 Appel à soumission jusqu’au 15/03. Infos : premc.org/doc/JOBIM202...

🏆 Prix meilleures talk et posters. Participation à la soumission de votre résumé

🚆👶 10 bourses de voyage ; demande du 30/04 au 21/05 + bourses garde d'enfant. Infos : www.sfbi.fr

Vous utilisez déjà Galaxy et souhaitez vous familiariser avec les méthodes et outils d’analyse bioinfo de données NGS ? #mapping #assemblage
👉Notre cycle de formation vous propose ce module d’1 jour à Jouy-en-Josas (26 mars).
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Vous souhaitez vous initier aux bonnes pratiques pour la reproductibilité de vos analyses ?
👉 Nous vous proposons ce module d’un jour à Jouy-en-Josas (24 mars 2026).
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Vous pratiquez R et souhaitez créer votre 1e application web interactive à partir de scripts R ? #Shiny
Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’1 jour à Jouy-en-Josas (23 mars 2026).
📝 Inscription et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

72 chercheuses inscrites sur la tour Eiffel : «Plus on creusait, plus on trouvait des femmes brillantes aux parcours hallucinants» Marie Curie, Paulette Libermann, Sophie Germain… Les noms d'éminentes scientifiques seront gravés en lettres d'or comme l’ont été ceux de leurs homologues masculins. Un remède à leur invisibilisation, même si la route est encore longue.

Marie Curie, Paulette Libermann, Sophie Germain… Les noms d’éminentes scientifiques seront gravés en lettres d’or, d’ici 2027, sur la tour Eiffel. L'astrophysicienne Isabelle Vauglin : «On travaille à pas de fourmis contre l’invisibilisation des femmes»

Besoin de vous former au langage R ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" propose ce module introductif à Jouy-en-Josas sur 2 jours (10 et 11 mars 2026).
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Vous pratiquez R mais souhaitez faire des graphiques sophistiqués avec le package #ggplot2 ?
Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’un jour à Jouy-en-Josas (12 mars 2026).
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Besoin de manipuler vous-même votre jeu de données #RNAseq, depuis les étapes de bioinformatique à l’analyse différentielle, sans passer par la ligne de commande unix ?
Ce module de 3 jours à Jouy (16-18 mars) est pour vous !
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Vous souhaitez apprendre à annoter et comparer vous-même vos génomes bactériens ?
Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas (19-20 mars 2026).
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Connexion directe de Galaxy à Recherche Data Gouv

GitHub - ebiggers/libdeflate: Heavily optimized library for DEFLATE/zlib/gzip compression and decompression Heavily optimized library for DEFLATE/zlib/gzip compression and decompression - ebiggers/libdeflate

🗜️⚡ If you use gzip/gunzip a lot in your pipelines, switch to the faster"libdeflate" versions instead! They use modern CPU capabilities to achieve a 2-3x speedup.

libdeflate is in conda, and "libdeflate-gzip" and "libdeflate-gunzip" are drop-in replacements. #unix

github.com/ebiggers/lib...

Notre cycle 2026 de formation "Bioinformatique par la pratique" est ouvert 🎉.
16 modules proposés de mars à juin, ouverts à tous !
👉 Planning et inscriptions : documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Now published in Nature Biotechnology:
go.nature.com/44P7nSm
If you missed it, the TL;DR is in my April thread below

Face au froid, l’inaction n’est pas une option.
📞 Un réflexe citoyen si vous voyez une personne en détresse : appelez le 115.
#GrandFroid #CroixRouge #Solidarité #UrgenceSociale

Activation immédiate du plan grand froid et refonte sur le long terme des places « d’urgence » pour sortir les précaires de la rue !

Face à l'épisode de froid, "il est de l'intérêt des enfants que le plan grand froid soit déclenché" à Paris, réclame la Défenseure des enfants de la Ville Quelque 23 départements ont déjà activé ce plan qui permet de mettre en place davantage de dispositifs d'urgence pour les personnes les plus vulnérables à la rue.

« Ne prendre en charge les femmes enceintes que si elles sont dans leur huitième mois de grossesse et ne prendre en charge que les familles avec des enfants [de]moins de trois mois »
Face a la pénurie l’indigence des critères d’attribution de places au 115.

www.franceinfo.fr/societe/pauv...

Save the date: The Galaxy Training Academy 2026 will happen from May 18th to May 22th

Read more at https://training.galaxyproject.org/training-material/news/2025/11/13/gta-date-2026.html

@galaxyproject.bsky.social

A Paris, le nombre de sans-abri dans les campements au plus haut depuis six ans Les maraudes de France terre d’asile ont recensé, fin novembre, 663 tentes dans les principales zones de campements de la capitale, ce qui représenterait 985 à 1 723 personnes. En cause, la baisse des places d’hébergements et les restrictions dans l’accès au séjour.

A Paris, le nombre de sans-abri dans les campements au plus haut depuis six ans

« Les salariés du 115 ont le sentiment d’être en première ligne face à un système grippé de l’intérieur »
En Seine Saint-Denis comme ailleurs. Tellement de demandes, si peu de places ….

Gempipe: a tool for drafting, curating, and analyzing pan and multi-strain genome-scale metabolic models journals.asm.org/doi/full/10.... #jcampubs

💾 Prokka 1.15.6 is released!

This is the last major release of Prokka. But don't be sad, because @oschwengers.bsky.social already has an excellent replacement called Bakta you can migrate to.
#bioinformatics #microbiology #genomics

github.com/tseemann/pro...

Nous y étions et avons participé activement aux FROGSDays 2025 ✨, un rendez-vous marqué par le partage 🤝, l’innovation 🔬 et les échanges autour du métabarcoding microbien.

Plus d'information : lnkd.in/d3A7qN4n

Trois jours d’échanges riches sur la structuration de la bioinformatique en France et les nombreux défis stratégique : IA, ouverture des données, accompagnement des communautés , gestion des donnes sensibles …