Valentin Loux

Avec une com dans Nature des chercheurs ayant identifié les failles www.nature.com/articles/s41...

La question de la sécurité doit être au coeur des developpements, y compris en bioinformatique. Au dela du cas d'ONT, cela pose la question des formations ciblées "devs scientifique"et des moyens.

Portable Genetic Sequencer Security Vulnerabilities Could Endanger Personal Portable genetic sequencers, particularly those manufactured by Oxford Nanopore Technologies, have revolutionized the field of genomics, making DNA sequencing more accessible and practical across the

Bioinformatics x cybersecurity: Christina Boucher and her colleague Sara Rampazzi uncovered a basic yet critical vulnerability in MinIONs through the MinKNOW software bioengineer.org/portable-gen...

Rosalind Franklin, la véritable pionnière de ces travaux sur la découverte de la structure en double hélice de l'ADN, est morte en 1958 sans avoir jamais été reconnue comme la scientifique à l'origine des résultats qui ont valu le Nobel à Watson.
💪

“Il est probable que l’empreinte environnementale de l’IA soit aujourd’hui la plus faible jamais atteinte” Alors que l’IA s’intègre peu à peu partout dans nos vies, les ressources énergétiques nécessaires à cette révolution sont colossales. Les ...

"nos projections sur les impacts environnementaux à venir sont avant toutes coincées dans le présent"
" […]d’une IA qui se substitue à tous les usages numériques actuels, ne permettent pas d’imaginer ce que notre consommation d’énergie va devenir"

danslesalgorithmes.net/2025/06/16/i...

It was a really nice week working on building MiCoReCa, a catalogue of resources (tools, workflows, etc) for microbiome research, and more importantly networking with the large @elixir-europe.org community. Thank you all! See next year!

Les Crayons Solidaires, un événement au profit des Restos du Cœur. Mercredi 3 décembre de 18h à 22h. Ground Control, 81 Rue du Charolais, 75012 Paris.

20 Artistes présent.es : Boulet, Marielle Durand, Singeon, Sylvain Cnudde, Rémi Courgeon, Camille de Cussac, Alice Chemama, Karim Frihq, Hélène le Cam, Davy Mourier, Prims, Tim,Chloe Briggs, Pochep, Tristuss, Libon, Léah Touitou, Tido, Livio Fania, Matthias Bourdelier, Capucine, Maud Chalmel, halres Berbérian, Mat Let.

Originaux et tirages d’artistes partenaires à retrouver en boutique : Pénélope Bagieu, Camille de Cussac, Boulet, kek, Singeon, Tido, Benoit Guillaume, Pierre Amoudry, Sylvain Cnudde, Rémi Courgeon, Marielle Durand, Marc Boutavant, Jacques de Loustal

✏ Les Crayons Solidaires reviennent le mercredi 3 décembre à Paris, au Ground Control de 18h à 22h. Le principe est simple : vous venez sur place, vous payez pour qu'on vous tire le portrait, et tout l'argent va aux Restos du Coeur. Il y a aussi plein d'originaux et de tirages à acheter. À bientôt !

📢👩‍💻✍️ Inscription - Ecole thématique en bioinformatique intégrative (ETBII) du 29/03 au 3/04/2026, organisée par l’IFB !
🎯 Au programme : Combiner et analyser des données biologiques multi-omiques issues de différentes sources afin d’obtenir une compréhension globale des systèmes biologiques

@vloux.bsky.social présentait aujourd'hui l'entrepôt de données #Siduri devant le SAB et le COS du Grand Défi #Ferments_du_Futur 👏

Plus de 900 sans-abri sont morts en 2024 : «Une augmentation exponentielle année après année»

Plus de 900 sans-abri sont morts en 2024 : «Une augmentation exponentielle année après année»

Il s’agit majoritairement d’hommes (dans 82 % des cas), mais aussi, et de plus en plus, de femmes (13 %) et d’enfants.

🧠🥼🧬🧪🔬
Last year at @sfn.org I ran a workshop on "Opening the File Drawer" with Ben Kolber, Stacey Winham, Paul Sternberg, & Alex Freeman (@alexandrafreeman.bsky.social).

We've shared the resources that we compiled for that workshop in this new paper. ❤️

@comm4rigor.bsky.social @ummni.bsky.social

Our MARTi @nanoporetech.com paper is now out in @genomeresearch.bsky.social after several years of development (particularly Ned Peel and Sam Martin). We'd love to hear from users about how you're using it, or suggestions for new features. @earlhaminst.bsky.social

genome.cshlp.org/content/earl...

Les crises font se rendre compte de nos faiblesses et peuvent favoriser l'apparition de solutions. L'europe a un rôle certain (et urgent !) à jouer pour diminuer notre dépendance aux outils financés par les États-Unis.

“The PSF simply can’t agree to a statement that we won’t operate any programs that ‘advance or promote’ diversity, equity, and inclusion, as it would be a betrayal of our mission and our community.”

La Python Software Foundation a retiré sa demande de financement de 1,5 million de dollars auprès de la NSF, bien que sa proposition ait été acceptée.

Cette décision a été motivée par une clause interdisant la promotion de la diversité, l’équité et l’inclusion.

👉 pyfound.blogspot.com...

1/2 Want to become up to date with pangenomes and genome graphs and their history? Check out this fantastic review by @zbao.bsky.social!

Complexity welcome: Pangenome graphs for comprehensive population genomics
#pangenomes #plantscience #genomegraphs
www.cambridge.org/core/journal...

2026 Galaxy Community Conference (GCC2026) The annual gathering of the Galaxy Community with opportunities to hear latest developments, get training, and meet everyone involved.

Science, volcanoes, and the Galaxy community...what more could you ask for? 🌋🇫
In case you missed it! The Galaxy Community Conference (#GCC2026) lands in Clermont-Ferrand, France, June 22–24, 2026! CoFest follows from June 25–26.
Learn more and sign up for emails:
galaxyproject.org/events/gcc20...

Dans cet article qui vient de sortir dans NOV'AE, nous avons voulu répondre à la question "Le verre réutilisable au labo a-t-il un impact environnemental moindre que le plastique à usage unique ?", en utilisant une approche d'Analyse de Cycle de Vie. Avec M. de Paepe
revue-novae.fr/article/view...

Autocycler: long-read consensus assembly for bacterial genomes AbstractMotivation. Long-read sequencing enables complete bacterial genome assemblies, but individual assemblers are imperfect and often produce sequence-l

Happy to share that the paper describing Autocycler is now 100% up:
doi.org/10.1093/bioi...
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📍Pour en savoir plus sur les stratégies numériques pour les CRB : outils, défis et perspectives d'avenir > consulter le programme du séminaire RARe 2025 avec les résumés et la présentation des intervenants.
Participation en visioconférence sur inscription 👉 www.agrobrc-rare.org

✨ Résolument engagée dans la #scienceouverte, l' @univparissaclay.bsky.social lance, en 2026, ses presses universitaires en accès libre et gratuit.

📢L' #appel à candidature est ouvert pour son comité d'expertise scientifique.

🗓️ Date limite : 01/10/2025

En savoir plus : tinyurl.com/ms568zkn

New blog post – A quick look at Roche's SBX
lh3.github.io/2025/09/11/a...

New blog post: In Google's new paper, "An AI system to help scientists write expert-level empirical software" an AI supposedly "invents" new methods in bioinformatics and infectious disease modeling & forecasting. doi.org/10.59350/ymj... 🧬🖥️🧪

🚨PLEASE SHARE!
France Génomique and the National network GREEN-omics are pleased to inform you of their upcoming Symposium on Environmental and Agronomical Genomics!
📍Paris, France, Feb 18 to 20, 2026.
➡️ eags2026.sciencesconf.org
➡️ Registration and call for abstracts are now open!

One year after our initial preprint, we're excited to post a major update to Logan.

At its heart, Logan is the assembly of 27 million samples (50 Pbp) using a 6-day cloud-compute peaking at 2.2M vCPUs. This compresses the SRA 140x compared to raw FASTQs.

github.com/IndexThePlan...

magnifique ! Ça donne envie

c’est pas mal. bien équilibré. je vais essayer d’en rapporter une bouteille

Dégustation de boissons fermentées en Pologne. Classique Komboucha et plus local buza (boulgour, raisin). Les deux produits localement. #fermentsdufutur

3 August 1911 | A Frenchman, Jean Berthout, was born in Limoges.

In #Auschwitz from 8 July 1942.
No. 45230
He perished in the camp on 13 August 1942.

Bravo à @auschwitzmemorial.bsky.social de faire vivre ce lieu de mémoire, si iomportant à visiter pour lutter contre la répétition des horreurs de l’histoire.

Visite du mémorial d’Auschwitz-Birkenau. Un moment d’émotions et de recueillement mémoriel vécu en famille, accompagné par une guide d’une exceptionnelle justesse.

Congratulations to Rayan Chiki, (Institut Pasteur) head of the “Sequence Bioinformatics” unit, for securing the ERC Proof of Concept 2025 for his project ENZYMINER! 👏

‪@rayan.chiki.bsky.social

#Bioinformatics