@fwfonk.bsky.social
国立遺伝学研究所 学振PD。淡水魚の進化生態学に興味があって研究しています。 Web: https://sites.google.com/view/fwfonk
https://digitalevosemi.jimdofree.com
第49回デジタル進化生物セミナーの登録が始まりました。
10月23日（木）15:00- 三品達平博士（九州大学）
「雌しかいない？クローン繁殖するギンブナの起源と多様性の謎に迫る」
有性生殖をやめた魚のお話です。やめられるの！？やめていいんだ。
#デジタル進化生物セミナー #デジ進
digitalevosemi.jimdofree.com
正式な着任というか、正式な役職が決まるのが、ですね。今年は例年の9月ではなく11月に年会があるので、色々ややこしくなっています。
01.10.2025 10:44 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0本日より日本魚類学会若手の会世話人の1人として活動することになりました。関係するみなさん、どうぞよろしくお願いします。正式な着任は11月の年会時となります。たぶん庶務を担当することになるはずです。
01.10.2025 07:02 — 👍 4 🔁 0 💬 1 📌 0よく見たらひとつ前のツイートでもわくわくしていた。すぐわくわくする人なのかもしれない。
27.09.2025 09:27 — 👍 2 🔁 0 💬 0 📌 0初めてのフィールドは少し緊張しつつもワクワクしますね。
27.09.2025 09:26 — 👍 1 🔁 0 💬 0 📌 0他人が書いた研究資金の申請書を読むの、実はちょっと好きかもしれません。研究のおもしろさを伝えようと色々考えてよく練られた文章を読むのはわくわくします。
08.09.2025 05:06 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0New review out in @cp-trendsecolevo.bsky.social - 'The genomics of discrete polymorphisms maintained by disruptive selection' doi.org/10.1016/j.tr...
05.09.2025 00:15 — 👍 3 🔁 1 💬 0 📌 0A new review paper is now online @cp-trendsecolevo.bsky.social "The genomics of discrete polymorphisms maintained by disruptive selection" doi.org/10.1016/j.tr...
04.09.2025 23:58 — 👍 6 🔁 3 💬 0 📌 0「本質的な着想はあまり書物からはやってこない。」「理論はつねに経験のあとにやってくる。」という言葉を読んだ。なんとなく、そうだと思う。
18.08.2025 10:06 — 👍 1 🔁 0 💬 0 📌 0
Our paper is just out from Restoration Ecology.
Matsuzaki SS et al. 2025. Spatial variation of multifunctionality among abandoned rice paddies and irrigation ponds: potential roles of hydrological and environmental factors.
onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...
ぼくはどなたか存じ上げないのですが、シナヌマエビ問題について素晴らしい記事を書いてくださった方がいます！
我々の論文も参照いただいたみたいです。
ebina-1.hatenablog.com/entry/topic/...
某さんがどこかで言ってましたが、ほんとに見ているのがつらい選挙でした。状況が好転していくことを願ってます。
20.07.2025 03:15 — 👍 1 🔁 0 💬 0 📌 0投票してきました。
20.07.2025 03:14 — 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0
届きました。また少し厚くなった…？
18.07.2025 09:42 — 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0これですね
bsky.app/profile/fwfo...
届きました！ 自分の原稿が本になっているの、新鮮というか、不思議な気持ちです…。
13.06.2025 13:40 — 👍 8 🔁 2 💬 1 📌 0元三重大学水産実験所の木村清志名誉教授と，同水産実験所修了生の笹木大地氏編著，その他私含む11名の三重大学生物資源学研究科修了生が執筆した『美し国の魚たち 三重県の魚類図鑑』を5月30日に刊行しました。三重大学機関リポジトリから無料でダウンロードいただけます。これまでに三重県での生息が確認された全種，1472種を収録しています。
mie-u.repo.nii.ac.jp/records/2001...
一括ファイル（2025OK0008_all.pdf）と分割版（その他7ファイル）が並んでいますのでお好きな方をご利用ください。
執筆者に加えていただいた本が6月に出ます。イタセンパラの集団ゲノミクスの論文の内容を主に解説した章を京大の渡辺勝敏さんと共同で執筆しました。
本全体としては、生態学・河川工学と河川行政をつなぎ、今後の河川との付き合い方を考えるものです。個人的にも、京大院理の感覚と、学部でお世話になった東大農の感覚が融合するような感じで、印象深い原稿でした。
著者割で15%引き・送料無料（公費対応可）で購入できます。ご希望の方がいらっしゃいましたらお声かけください。
www.asakura.co.jp/detail.php?b...
最近出た『ゲノム多様性解析』、暇をみつけて読み進めてます。頭が整理され、新しい発見もある、いい本。欲を言えば、修士に入った頃に読みたかった。
www.morikita.co.jp/books/mid/02...
どんなデータセットなのかわからない＆イメージしているものと違うかもなのであれですが、SplitsTreeは比較的楽かもしれません。SplitsTreeのインプットのNEXUSファイルはPGDSpiderというソフトなどでVCFから簡単に作れます。
Treemixもよく見かけますが、やや面倒だった気がします。やるならチュートリアルを探してやるのがいいと思います。
ぱっと見めんどくさそうです…どんな目的で使うんですか？
02.05.2025 12:46 — 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0
Xで見かけたのでメモ
「遺伝研スパコンがアップデートされて使い方の問い合わせがたまにくるので困りがちなところをまとめました」とのこと
今日はお査読しました。ふう。
07.04.2025 10:19 — 👍 2 🔁 0 💬 0 📌 0
本日付で学振PDとして国立遺伝学研究所生態遺伝学研究室所属になりました。よろしくお願いします！
個人ウェブサイトを更新するなど…。
sites.google.com/view/fwfonk
そうですよね…。それこそパッケージとしてリリースするコードなら、可読性や再現性の点からもbase Rだけで書くのがいいのだろうとも思いますが、論文とともに公開する程度のものだと、どこまで親切にするか悩みます。その意味では変数名に気をつかったりシンプルなコメントをつけたりするくらいがきっとちょうどいいのでしょうね…AIが自動でやってくれたら楽なんですが笑
25.03.2025 12:51 — 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0
2025年度先進ゲノム支援の公募予定をお知らせします。
次世代シーケンサーやシングルセル解析装置、空間オミックス解析装置を駆使した多様な技術による支援が、【原則、解析費用自己負担なし】で受けられます！
■公募説明会 4月10日(木)13時～【参加登録受付中】
www.genome-sci.jp/info_session...
へんな引用、失礼しました。コメント、大変だけど大切ですよね…。
パイプ、ぼくはよく使っているんですが、読み返したときの可読性が低めなのは確かにと思います。そもそも使わないのがいいのか、コメントとか使いつつうまく対応するのがいいのか…藤本さんはどうされてますか…？
核ゲノムのSNPを使った集団遺伝構造の解析、技術的にそんな難しいものではなくなったんだけど、日本国内の淡水魚類でガッツリ適用して分析した事例はまだまだ多くはない、といった印象
23.03.2025 12:54 — 👍 1 🔁 1 💬 0 📌 0そもそも、あまり適当に書いてしまうと、自分で書いたコードを2ヶ月後とかに解読するのですら結構時間かかるんですよねー…
25.03.2025 05:28 — 👍 1 🔁 0 💬 0 📌 0こないだの生態学会で環境研の深谷さんたちの「Rパッケージを作ろう」みたいな自由集会があって、コーディングのときに変数自体に（xとかyとかじゃなくて）説明的な文字列（species_name_listとか）を使うとコメントでの説明が不要になってよいと言われてました。普段からそうするのは面倒もありますが、プログラミング界隈の人たちの哲学というかtipsを勉強するのもよいのかも…というのは発見でした。
25.03.2025 05:26 — 👍 1 🔁 0 💬 2 📌 0
