Felix Geist

Beeswarm plot of the prediction error across different methods of double perturbations showing that all methods (scGPT, scFoundation, UCE, scBERT, Geneformer, GEARS, and CPA) perform worse than the additive baseline.

Line plot of the true positive rate against the false discovery proportion showing that none of the methods is better at finding non additive interactions than simply predicting no change.

Our paper benchmarking foundation models for perturbation effect prediction is finally published 🎉🥳🎉

www.nature.com/articles/s41...

We show that none of the available* models outperform simple linear baselines. Since the original preprint, we added more methods, metrics, and prettier figures!

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Ah yes, and „Climagate“

Also COP15 in Copenhagen

COP15 in Copenhagen, Deepwater Horizon, „Climagate“ email hack, …

This was most likely the coverage of COP15 in Copenhagen

In the 80s, the term “risk society” was commonly used by sociologists to describe a world where human-made hazards outpaced our will to notice them. Your numbers show it in real time: coverage shrinks as the storms grow. The danger isn’t only the heat—it’s our fading attention.

Konservative Politik: Arbeit für die Aufräumer Ob Scheuer, Spahn oder Dobrindt – rechte Akteure hinterlassen gern einen Scherbenhaufen. Oft kommen sie dann auch noch ungeschoren davon.

Ob Scheuer, Spahn oder Dobrindt – rechte Akteure hinterlassen gern einen Scherbenhaufen. Oft kommen sie dann auch noch ungeschoren davon.

Wer glaubt, die „Ausländer raus“-Stimmung würde verschwinden, wenn weniger Geflüchtete kommen, sollte mal nach Ungarn schauen.

Im Kern geht es nicht um Herausforderungen durch Flucht und Migration, sondern darum, die Lust am Treten nach unten auszunutzen – für den eigenen Machterhalt.

Gerade mal wieder über die französisch-deutsche Grenze gefahren. Ausweiskontrolle, der Zug steht mehrere Minuten still.
Einige Fahrgäste grummeln. "Sind wir nicht Europa?".
Es ist ein trauriger und teurer Rückschritt.

Fair enough! But do you think your posts might reach even more people on X if they didn’t include external links and would allow engagement? And if you’re just broadcasting links with no real engagement or discussion, what’s keeping you on X?

Then your posts will never be visible for your followers: X downranks links, and when there is no engagement by replies or reposts, it will be invisible on X

Screenshot von X. Beim Account @YuvalRaphael_IL steht "Account gesperrt. X sperrt Accounts, die gegen die X Regeln verstoßen".

Elon Musk hat auf X den Account von Yuval Raphael gesperrt, scheint es.

„Nehmen den Staat auf allen Ebenen aus“: Report entlarvt Deutschlands wahre Sozialschmarotzer Ein Bericht des Bundesrechnungshofs zeigt: Nicht Bürgergeld-Empfänger, sondern Steuerbetrüger kosten den Staat jährlich Milliarden.

Sonderbericht des Bundesrechnungshofes: „Maßnahmen zur Stärkung der Einnahmebasis“. Dieser erklärt, an welchen Stellen der Staat noch strukturelle Defizite hat und zukünftig Geld einsparen könnte. Eines der Kernprobleme: Steuerbetrug.”

www.fr.de/wirtschaft/b...

🌉 Today we launch #XBridge: a unique matchmaking program for U.S. researchers hit by #NIH #funding gaps.
We invite PIs to submit existing NIH proposals to connect with pharma partners via our platform. bio.mx/news/press-r...

Not a grant—an opportunity to keep science moving.
#StandUpForScience 🔬

Na klar! Zumindest in den neuen Folgen, Runaway Bride oder in the stolen earth zum Beispiel. In der klassischen eher nicht.
Aber man käme auf jeden Fall von der Erde runter… und man könnte vielleicht ein wenig die Geschichte manipulieren, sodass man nicht runter will?

a police box is lit up in the snow at night Alt: a police box is lit up in the snow at night, the tardis leaves planet earth

Einfache Sache!

Da hier Waldorf und Montessori quasi in einem Atemzug genannt werden: ich hatte eigentlich Montessori nicht als derart verschwurbelt esoterisch wahrgenommen wie Waldorf… stimmt das?

As we can expect PubMed dysfunction more and more or to be swamped with fake journals I suggest you get acquainted to this nice alternative: europepmc.org

"Innovations in Single Cell Omics" Berlin 5.12-13.
Organizers:
@stefaniegrosswendt.bsky.social
@simonhaas.bsky.social
@leifludwig.bsky.social
Ashley Sanders
@larsplus.bsky.social
@elimereu.bsky.social
@alejofraticelli.bsky.social

Friedrich Merz erzählt schon wieder auf Bühnen, Frauen würden die Grünen wählen, weil sie Habeck hot fänden.

Damit markiert er Frauen als »zu emotional für rationale Entscheidungen, für Politik«.

Genau damit wurde Frauen das Wahlrecht verwehrt.

Kein moderner Mensch kann diesen Mann unterstützen.

Bei uns im Klinikum Darmstadt ist es wie in den meisten Gesundheitseinrichtungen in Deutschland: Unsere Vielfalt ist unsere Stärke.

Ja, sag ich ja

Ah paywall… :/ Das ist ein Screenshot davon. Wie gesagt, nur die Abweichung der Institute untereinander, nicht zur Grundgesamtheit

Bundestagswahl 2025: Wer führt in den aktuellen Umfragen? Welche Parteien in Umfragen zulegen, wer verliert und welche Koalitionen wahrscheinlich sind: Alle relevanten Daten zum Wahlkampf im täglich aktualisierten Wahltrend

Bei der Zeit wird zumindest die Abweichung gegenüber anderen Instituten dargestellt, da gibt es starke Abweichungen zugunsten des BSW aber nicht der AfD:

www.zeit.de/politik/deut...

A picture of the surroundings of Brixen/Bressanone together with key data on the summer school.

CSAMA 2025 Biological Data Science Summer School
in Brixen, South Tyrol, 7-11 July

We cover (sc)-RNA-seq and spatial omics data analysis, underlying (bio)statistical topics, multi-omics, ... All hands-on using R/Bioconductor tools.

csama2025.bioconductor.eu

Registration opens on 1 Feb

Naja, vor der letzten Wahl gab es eins mit Baerbock

Overview of the LEMUR steps: (1) subspace alignment, (2) differential expression, (3) DE neighborhoods, (4) pseudobulking.

After 4y in the making, I am super excited that my main PhD project is published 🎉🥳🎉🎉🥳

www.nature.com/articles/s41...

LEMUR is a tool to analyze multi-condition single-cell data and model differential expression as a continuous function of the cell-state space.

Some highlights⬇️

I remember this plot and comment by @davidamuller.bsky.social from a while ago, which is probably still valid. I am waiting for Nature Reviews Comté

What about former dkfz members? ;) if yes, would be great to be added

Would it be worth it to compare it to October-December 2024, as more users started to use different platforms? And what about Threads?